Ved Struer strækker Kilen sig fra Struer Bugt i Limfjorden ind i landet mod vest. Tidligere var Kilen en fjordarm, men midt i 1800-tallet blev den afsnøret fra Limfjorden af en dæmning. I dag fremstår den som en 319 ha stor brakvandssø med en gennemsnitsdybde på 2,9 m og en størstedybde på 6,5 m. En lille sluse sikrer vandudskiftningen i søen.
I skrænterne ved Kilen findes utallige hulveje, der vidner om, at den var et vigtigt overfartssted allerede i stenalderen.
Kilen får bl.a. tilført ferskvand via Bredkær Bæk i søens vestende. Ved dæmningen har der været en stor variation i slusepraksis, hvilket har givet Kilen en tilsvarende stor variation i saltindhold.
Forurening fra bl.a. dambrug, byspildevand og landbrug betød, at der tidligere stort set ikke var nogen undervandsvegetation i søen. Forholdene er dog forbedret, og i 2016 fandtes der undervandsplanter ud til en dybde på 2,4 m. De tørre, sandede skrænter ned mod Kilen har desuden en fin overdrevsvegetation med bl.a. djævelsbid, katteskæg, tandbælg, liden klokke, fåresvingel, hedelyng og tormentil. På skrænterne findes også flere vældprægede kær med bl.a. maj-, purpur- og plettet gøgeurt samt bukkeblad, kragefod, vibefedt og flere arter af star.
Kilens fiskebestand domineres af brakvandsarter som helt, smelt, sild, brisling og trepigget hundestejle. I træktiden har Kilen stor betydning som rasteplads for svømmefugle, og især hvinand, troldand, pibeand, taffeland, gråand, sangsvane og stor skallesluger kan raste på søen i hundredvis. Odder holder også til i området, og i skumringen kan damflagermus ses jage over Kilen.
På en vandretur rundt om søen kommer man forbi overdrev, høje skrænter, rørsumpe, kildevæld og skove. Landskabet omkring Kilen blev fredet i 1980. I alt dækker fredningen 584 ha. Desuden indgår Kilen i Struer Vildtreservat.
