Kirkegården omkring Sankt Nicolai Kirke nedlagdes i 1864, og her er nu store lindetræer i græs og få gravsteder, bl.a. et mindesmærke for biskop Jesper Brochmand. Til afløsning herfor blev Assistens Kirkegård anlagt i 1835, i dag en traditionel bykirkegård.
Ny Sankt Nicolai Kirkegård er fra 1890 og har fællesgrav fra 1998 tegnet af Andreas Bruun Landskabsarkitekter, der også står for den plan, som kirkegården fra 2005 er blevet fornyet efter. Planen omfattede bl.a. et bredt, gennemgående grusareal omkring kapellet samt nye plantninger og urnegrave. Kapellet fra år 1900 er tegnet af Martin Borch.
Klosterkirkegården var i 1400-tallet gråbrødreklosterets kirkegård og senere fattigkirkegård. I 1950 blev den omlagt til urnekirkegård efter plan af landskabsarkitekt Aksel Andersen.
I Skovhus Vænge/Lellingeskoven findes en privat gravlund, et markstenshegnet område med låge mellem to tilhuggede sten, anlagt af Vittenbjerggårds tidligere ejere Petra og Niels Pedersen, der begge er begravet her, i hhv. 1922 og 1950.
Kommunens 12 landsbykirkegårde har alle omgivelsesfredninger. Flere har fine udvidelser og er renoveret af landskabsarkitekt Henning Rasmussen, bl.a. Bjæverskov, Borup, Ejby, Kimmerslev, Nørre Dalby og Sædder Kirkegårde. Særlig smukt ligger den lille Kimmerslev Kirkegård ud til søen. Lellinge Kirkegård ligger ud til et fredet ålandskab, og Nørre Dalby Kirkegård tegner sig markant i marklandskabet.
Herfølge Kirkegård udgør sammen med den store gamle præstegårdshave et kulturhistorisk betydningsfuldt sted. Den ældste del ligger højt omgivet af mure. Kirkegården blev i 1957 udvidet med urnegrave i en tidligere kalkgrav. Landskabsarkitekt Charlotte Skibsted har fra 2013 stået for udvidelser og ændringer, bl.a. urnegrave i præstegårdsskoven, en ny skovplantning og et område med bevaringsværdige gravminder.
