I Frederikshavn Kommune ligger 30 folkekirker, hvoraf 14 er middelalderlige, heriblandt kommunens eneste klosterkirke, Sæby Kirke. Fladstrand og Hirsholmene Kirker er opført i hhv. 1686 og 1640, mens hovedparten af de resterende kirker er opført i tiden omkring år 1900. Det seneste kirkebyggeri er Bangsbostrand Kirkesal, som er opført i 1976.
Frederikshavn Kommunes lange kystlinje har haft afgørende betydning for kirkelandskabet, og sandflugt har medført, at kommunen har fem ødekirker: Østerby Kapel, Højen Kapel, Sankt Jakobs Kapel, Lyngså Ødekirke samt Sct. Laurentii Kirke eller Den Tilsandede Kirke; Skagens gamle sognekirke, som er et af byens bedst kendte bygningsværker.
Kirkekunsten i kommunen rummer en stor variation fra de ældre middelalderlige kalkmalerier i Sæby Kirke til Oscar Nicolaisens moderne fortolkning af Kristus på korset på altermaleriet fra 1969 i Elling Kirke. Kirkerne rummer også mange rige interiører, hvilket i høj grad skyldes egnens hoved- og herregårdsejere. Gærum Kirke har fået skænket inventar af ejerne af Gærumgård, i Torslev Kirke findes der herskabsstole for ejerne af herregården Ormholt, og Volstrup Kirke er præget af sit tilhørsforhold til herregården Sæbygård.