Tiden fra slutningen af 1500-tallet og frem til midten af 1800-tallet præges først og fremmest af omfattende inventaranskaffelser. Kallerup Kirke blev stort set nybygget fra 1600-tallets slutning, om end den fremstår med enkelte middelalderlige dele. Agger Kirke blev i 1838 opført i stedet for en middelalderlig forgænger, som blev slugt af havet. Blandt områdets efterreformatoriske kalkmalerier er Hassing Kirkes interessante ved at vise yderst sjældne, gammeltestamentlige motiver. Personerne er iført renæssancedragter. Til det såkaldte Heltborgværksted henregnes kalkmalerierne i Heltborg, Helligsø og Villerslev fra omkring 1575-1600.
Af periodens inventar skal fremhæves altertavlen i Jannerup, områdets ypperligste snitværk, der er signeret af den berømte billedskærer Peder Kolding i 1648. I Vester Vandet Kirke står et fire m højt standur fra 1754, udsmykket med en tomastet sandskude.
De senest tilkomne kirker i Thisted Kommune er Klitmøller Kirke fra 1871-72 efter tegninger af murermester Peder Hyldahl og Hjardemål Klit Kirke af arkitekt Vilhelm Ahlmann fra 1895. Arkitekt Claudius August Wiinholt har tegnet Stenbjerg Kirke fra 1895 og Vorupør Kirke fra 1902, mens murermester J.P. Jensen står bag Thorsted Frimenighedskirke fra 1906. Vesløs Valgmenighedskirke er fra 1911. Lildstrand Kirke blev indviet i 1950 og sat i stand og forlænget i 1989.
I adskillige kirker på egnen findes kunstværker fra nyere tid. I Klitmøller Kirke er kirkens altermaleri, Vandringen paa Søen, malet af dronning Louise i 1883, mens prædikestolen fra 1922 er udført af Rudolf Rud-Petersen, der to år forinden tillige udsmykkede apsishvælvet i Hillerslev Kirke. Andre fornyelser af altertavlemalerier findes fx i kirkerne i Nors 1883 (Anton Dorph), Kallerup 1936 (Axel Poulsen), Hurup 1981 (Sven Havsteen-Mikkelsen,) og Grurup 2007 (Mogens Hoff). Tilsted Kirkes altertavle er udført af Erland Knudssøn Madsen i 2009, og kirkens prædikestol blev i år 2000 nyudsmykket af Erik Heide. Også Maja Lisa Engelhardt er repræsenteret, nemlig med prædikestolen og altertavlen fra 2008 i Lodbjerg Kirke.
