I 1867 inkorporeredes Slesvig i Preussen, og den lutherske kirke bestod nu som landskirke med en synodal styreform, dvs. en kirkeordning, hvor kirken styredes af et system af kollektive, kirkelige organer eller synoder. Den danske befolkning i Nordslesvig indgik i denne landskirke og i områder med en betydelig dansk befolkning afholdtes der gudstjenester på dansk om end ved tyske præster, der havde gennemgået en tillægsuddannelse på pastoralseminariet i Haderslev. Under den skærpede nationale kamp fra 1890’erne valgte de danske flere steder at danne frimenigheder, skønt den tyske lovgivning ikke rummede eller sikrede denne mulighed. Fra det tyske kirkestyres side kom man befolkningen i møde med opførelse af en del mindre kirker og kapeller. Efter den nye grænsedragning ved Genforeningen i 1920 skulle to kirkelige systemer sammenflettes i Sønderjylland. Det tyske landskirkelige system med store administrative beføjelser til menighederne skulle bringes i overensstemmelse med menighedsrådsdemokratiet i Danmark. Man åbnede mulighed for, at en lang række sønderjyske sogne kunne stemme om, hvorvidt de ville beholde den tyske præst. Det ville man de fleste steder. Desuden sikrede lovgivningen, at der i særlige tilfælde kunne afholdes gudstjenester på tysk – ganske vist på andre tidspunkter end de dansksprogede.
I Sydslesvig var det reelt umuligt for det danske mindretal at benytte landskirkens sognekirker til danske gudstjenester, skønt der var røster, der her mente, at den beskyttelse og de muligheder for brug af sognekirkerne, som de tyske menigheder havde i Danmark, måtte modsvares af en lignende åben holdning. I 1927 lykkedes det den danske menighed at leje Helligåndskirken i Flensborg, men da under organisationen Dansk Kirke i Udlandet. Polariseringen mellem tysk og dansk viste sig i Danmark ved ændringer af kirkernes bygningsudseende, deres inventar og indskrifter, der nu helst skulle være på dansk.
Med tiden erstattedes de præster i Sønderjylland, der både kunne tysk og dansk, af danske præster, der ikke kunne eller ville prædike på tysk. Efter nazisternes magtovertagelse i 1933 dannedes der en tysk frimenighed i Nordslesvig, hvis opgave var at samle de tyske kræfter. Frimenigheden havde ret til at benytte danske kirker, men var årsag til splid, da den åbenlyst var politisk gennemsyret af nazismen. Enigheden fra begge sider om at respektere monumenter på kirkegårdene for de faldne i 1. Verdenskrig, de danske ud fra pligt, de tyske ud fra ære, blev nu udfordret.
Efter 2. Verdenskrig var alle kirker i Sydslesvig lukket for dansk gudstjeneste, da Danmark opfattedes som en fjendtlig sejrsmagt. Med afsæt i København- Bonn-erklæringerne i 1955 opløstes spændingen i nogen grad, men først i 1960’erne kom det til en reel udsoning på det kirkelige livs område.
I dag rummer den danske kirke i Sydslesvig 27 menigheder med over 60 kirkebygninger og prædikesteder. Medlemstallet er omkring 6.000 med 40.000 kirkegængere årligt. Markant står Ansgar Kirke fra 1968 i det nordlige Flensborg. Den blev tegnet af Kay Fisker m.fl. og er et monument over moderne danske byggestil i tegl. Det tyske mindretal i Danmark er på mellem 15.000 og 18.000 og er kirkeligt organiseret i Nordschleswigsche Gemeinde med tætte bånd til den nordelbiske lutherske kirke. De fire tyske præster i byerne arbejder under folkekirkelige forhold, og gudstjenesterne foregår i folkekirkens bygninger. Den nordslesvigske menighed er repræsenteret i fem mindre byer i Sønderjylland. Menighedens administration er i Tinglev.
