Aabenraa hører til blandt landets mest nedbørsrige og solfattige kommuner. Den Jyske Højderyg deler kommunen i et bakket morænelandskab mod øst og et fladt hedeslettelandskab mod vest. Mens den sandede vestlige del får høje temperaturer om sommeren med skydannelse og byger, tvinger det bakkede terræn i øst luften til vejrs, hvilket giver endnu flere skyer og yderligere nedbør. I både maj og juli er Aabenraa Kommune derfor landets vådeste, og samlet set hører den til blandt landets ti vådeste kommuner.
Nærheden til det europæiske kontinent betyder, at der både kan komme sommervarme og vinterkulde sydfra. Generelt er kommunen dog ret lun med en årsmiddeltemperatur, som ligger lige over landsgennemsnittet. Derimod er der ikke megen sol, og i marts, juni, september og oktober er Aabenraa landets solfattigste kommune. Også på årsbasis er solskinnet yderst beskedent, og blandt alle landets kommuner er det kun Ikast-Brande Kommune, som har færre solskinstimer.
