Cistercienserklosteret i Knardrup blev stiftet i 1326 af Kong Christoffer 2., som skænkede en kongsgård på stedet til 40 indkaldte munke fra samme ordens kloster i Sorø. De vanskelige forhold i 1300-tallets politiske kaos betød, at Knardrup Klosters første tid var omtumlet, men efter midlertidige fordrivelser lykkedes det til sidst munkene at få etableret et kloster, hvis kirke i tråd med cisterciensernes sædvane var viet til Vor Frue.
Knardrup Kloster blev hverken rigt eller stort, og vores viden om stiftelsen er på alle måder yderst begrænset. I første halvdel af 1900-tallet blev der på stedet foretaget sonderende undersøgelser af Nationalmuseet, som afdækkede forskellige murforløb. De synes at afsløre resterne af et ikke uanseeligt, firfløjet, grundmuret anlæg på omkring 50 m × 60 m med en mulig ca. 30 m lang klosterkirke. Tolkningen er dog siden draget i tvivl.
Nordøst for klostertomten er desuden udgravet fundamenterne af en mindre, romansk kirke, der formentlig er ældre end klosteret. Der er muligvis tale om den kirke, som knytter sig til det Knardrup Sogn, der omtales i begyndelsen af 1300-tallet, men som var nedlagt efter klosterets oprettelse. I kirketomtens nærhed er der desuden fundet rester af kampestensfundamenter, som antages at stamme fra Sunesønnernes gård fra 1200-tallet. Denne vides at have tilhørt Ebbe Skjalmsen og hans efterkommere (Sunesønnerne) i 1100-og 1200-tallet, indtil den efter mordet på kong Erik Klipping i 1286 blev inddraget af kronen og fik status af kongsgård.
Klosteranlægget blev revet ned i tiden efter 1561.
