Oprindelig var Kolindsund en fjord, der strakte sig fra Kattegat til Kolind og delte det østlige Djursland i to. Tilsanding og landhævning afsnørede med tiden fjorden fra havet, og Kolindsund blev til en stor sø. Søens levetid var dog begrænset, da 1800-tallets behov for landbrugsjord medførte, at Kolindsund blev tørlagt 1872‑80. I dag sørger diger, kanaler, dræn og pumpestationer for at holde arealet dyrkbart. Årligt flytter pumpestationerne 50‑70 mio. m3 vand fra Kolindsund til Nord- og Sydkanalerne, som via Grenaaen leder vandet til Kattegat.
Dræningen og dyrkningen af den gamle søbund har efterhånden fået jorden til at sætte sig. For at kunne dyrke markerne må der derfor pumpes endnu mere grundvand væk. Derudover er der risiko for, at indtrængende salt i grundvandet vil forringe både dyrkningsvilkårene og drikkevandet. Sammen med ønsket om mere natur og rekreative områder samt beskyttelsen af Kattegat har det ført til diskussioner om en genopretning af den tidligere sø.
I dag er vandkvaliteten i kanalerne meget varierende. Nordkanalen kan generelt bryste sig af en forholdsvis god vandkvalitet, og man kan her finde flere rentvandskrævende arter af slørvinger, døgnfluer og vårfluer. I Syd- og Midtkanalerne, hvor opdyrkningen og vandløbsvedligeholdelsen er intensiv, er vandkvaliteten derimod noget ringere. Alligevel er kanalerne ganske fiskerige og huser bl.a. ørred, ål, tre- og nipigget hundestejle, aborre og skalle.
Antallet af naturarealer i det afvandede områder er meget begrænset. Kolindsund huser dog en stor bestand af krondyr, ligesom odderen holder til i området. Om foråret benytter trækkende andefugle kanalerne som rasteplads, mens bl.a. sangsvaner og canadagæs kan ses på markerne om vinteren.
