Den ca. 65 km lange Kongeå udspringer ca. 5 km sydøst for Vamdrup i Kolding Kommune. Fra udspringet løber åen vestpå gennem en bred smeltevandsdal. Efter Foldingbro flader landskabet ud, og snart rammer åen grænsen til Esbjerg Kommune. Herfra fortsætter åen forbi Gredstedbro til udløbet ved Kongeåslusen. Med ca. 455 km2 er åens opland forholdsvis beskedent, hvilket især skyldes, at den midterste del af oplandet er meget smalt.
Siden tidlig middelalder har åen, som oprindelig bar navnet Skodborgå, markeret grænsen mellem Nørrejylland og Sønderjylland. Fra 1200-tallet og frem til 1850 adskilte den også hertugdømmet Slesvig fra Kongeriget Danmark, hvilket bl.a. betød, at der fra sidste halvdel af 1500-tallet skulle betales told til kongen af de okser, som blev udført fra Jylland. I folkemunde skiftede åen derfor navn til Kongeå, hvilket den har heddet siden. Efter krigen i 1864 og frem til Genforeningen i 1920 udgjorde en stor del af Kongeå desuden den dansk-tyske grænse; den såkaldte Kongeågrænse. Det var dog ikke tilfældet i Esbjerg Kommune, hvor grænsen lå knap 15 km længere mod syd end i øst og blev markeret af Grænsegrøften.
Indtil omkring Gredstedbro er Kongeå stort set ureguleret, mens den på det sidste stykke gennem den inddigede marsk fremstår mere kanaliseret. Der findes flere store dambrug langs åen; i Esbjerg Kommune har der fx været dambrug ved Jedsted Mølle siden 1904.
På næsten hele sit løb gennem kommunen kantes åen af ferske enge, især på strækningen mellem kommunegrænsen og Gredstedbro. I selve åen vokser bl.a. børstebladet og svømmende vandaks, forskellige arter af vandstjerne og vandranunkel, mannasødgræs, vandpileurt, sideskærm, pilblad og gul åkande, mens man langs bredden bl.a. kan finde tagrør, grenet pindsvineknop, gul iris, rørgræs og lådden dueurt.
Fiskebestanden omfatter bl.a. ørred, laks, aborre, gedde, brasen, skalle, strømskalle, elritse og bæklampret. Dertil kommer mere sjældne arter som stalling og snæbel, som dog kun forekommer fåtalligt. De mange fisk danner fødegrundlaget for odderen, der er registreret flere steder langs åen.
På engene øst for Gredstedbro raster en række vadefugle under trækket, og ved Jedsted Mølle er både bjergvipstjert, isfugl og vandstær hyppige vintergæster. Fuglelivet er rigest omkring slusen, hvor der er iagttaget mere end 200 forskellige arter. De fleste er trækfugle, som i stort tal lægger vejen forbi engene om foråret og efteråret.
Strækningen mellem Gredstedbro og kommunegrænsen indgår i den 1.850 ha store fredning af Kongeå Dal fra 1980. Det meste af åens løb gennem kommunen indgår desuden i habitatområdet Kongeå, mens strækningen mellem Vilslev og udløbet indgår i habitatområdet Vadehavet med Ribe Å, Tved Å og Varde Å vest for Varde, i fuglebeskyttelsesområdet Ribe Holme og enge med Kongeåens udløb samt i Ramsarområdet Vadehavet.