Museum Sønderjylland har det kulturhistoriske og arkæologiske ansvar i Aabenraa Kommune. På H.P. Hanssens Gade midt i Aabenraa driver Museum Sønderjylland Kulturhistorie Aabenraa, der fortrinsvis formidler byens søfartshistorie. Museet blev grundlagt som amtsmuseum i 1887. I 2006 blev museet sammen med Kunstmuseet Brundlund Slot i Aabenraa en del af den selvejende institution Museum Sønderjylland.
I Aabenraas nordlige del ligger det lille frilandsmuseum Jacob Michelsens Gård (stiftet 1958), der formidler sønderjysk bondekultur, overvejende fra sidst i 1800-tallet til begyndelsen af 1900-tallet. Siden 1986 har Jacob Michelsens Gård været ejet af Aabenraa Kommune, men den bliver drevet af frivillige samt Karen Michelsen og Anne-Helene Michelsens Fond.
Bov Museum har holdt til på gården Oldemorstoft siden 1979. Her fortælles historien om grænseegnens landbrug samt toldopkrævning og grænsebevogtning igennem tiden. Stedet drives i dag af Aabenraa Kommune.
Nationalmuseet driver Frøslevlejrens Museum, der hovedsagelig dækker den periode, hvor lejren fungerede som fangelejr for det tyske sikkerhedspolitis fanger i Danmark 1944‑45, men også årene 1945‑49, hvor lejren var internerings- og straffelejr for landssvigere under navnet Fårhuslejren.
Ud over de offentligt finansierede museer findes der en række lokale foreningsdrevne besøgssteder: Foreningen Det maritime Kalvø driver Kalvø Minimuseum, hvor der fortælles om skibsbyggeriet her i midten af 1800-tallet, og ikke langt derfra ligger det lille egnsmuseum Rundemølle. I Straagaards Smedje i Kliplev har Lokalhistorisk Arkiv for Kliplev Sogn og et egnsmuseum til huse. En lignende konstruktion findes i Rens, hvor Museum Mellem Slesvigs Grænser formidler grænselandets og grænsebevogtningens historie og samtidig er hjemsted for Rens & Omegns Lokalhistoriske Forening og Burkal Sogns Lokalarkiv.
På Haderslevvej i Aabenraas nordlige del har Rigsarkivet en afdeling, det tidligere Landsarkivet for Sønderjylland. Samlingerne indeholder arkivalier fra lokale og regionale myndigheder og institutioner i området fra Kongeå til landegrænsen, bl.a. fra dommere, politimestre, præster samt amter og kommuner. Rigsarkivet, Aabenraa har desuden en stor samling af arkivalier fra private personer og foreninger.
I det tyske mindretals hovedkontor i Vestergade i Aabenraa finder man mindretallets arkiv, Archiv/Historische Forschungsstelle der deutschen Volksgruppe, der opbevarer og formidler arkivalierne fra mindretallets foreninger og institutioner.
I Rødekro, i Museum Sønderjyllands store magasinbygning, ligger Museum Sønderjyllands Mediearkiv, der indsamler og bevarer fotos og film med relevans for hele Sønderjylland. Det lokalhistoriske arbejde er organiseret i Samrådet for Lokalhistoriske Arkiver i Aabenraa Kommune, som ud over de allerede nævnte arkiver omfatter Bov Lokalarkiv, Bovrup-Varnæs Sognearkiv, Ensted Sogns Lokalhistoriske Arkiv, Felsted Sogns Lokalarkiv, Lokalhistorisk Fællesarkiv for Ravsted Sogn, Lokalhistorisk Arkiv i Rødekro og Tinglev Lokalarkiv.
