Med sine 14 udstillingssteder er Nordjyllands Historiske Museum landsdelens største.
Ud over det statsanerkendte historiske museum er Aalborg Kommune hjemsted for fem ikkestatsanerkendte museer: Springeren – Maritimt Oplevelsescenter, Aalborg Forsvars- og Garnisonsmuseum, Sundby Samlingerne, Nordjysk Spejdermuseum og Museet Godthaab Hammerværk.
På Springeren – Maritimt Oplevelsescenter udstilles såvel modeller af skibe som forskellige mindre fartøjer i fuld størrelse, herunder også en ubåd. Museet viser desuden en udstilling om Aalborg som værfts- og havneby.
Nordjysk Spejdermuseum har siden 1979 indsamlet og udstillet genstande med relation til Det Danske Spejderkorps i Region Nordjylland. På Museet Godthaab Hammerværk udstilles redskaber, der er produceret på fabrikken.
Aalborg Stadsarkiv og det nationalt dækkende Det Danske Udvandrerarkiv bevarer sammen med 23 lokalhistoriske arkiver og samlinger den arkivalske kulturarv i kommunen.
Der er lokalhistoriske arkiver i Ellidshøj- Svenstrup-Godthaab, Farstrup, Ferslev-Dall-Volsted, Frejlev-Nørholm-Sønderholm, Gug-Sønder Tranders, Gunderup, Hals, Horsens-Hammer, Nibe, Nøvling, Sejlflod, Sulsted og Ajstrup, Nørresundby, Vadum og Vejgaard. Idrætshistorisk Samling samarbejder med Nordjysk Spejdermuseum, Politihistorisk Samling og Museet i Hammer Bakker i et arkivudvalg.
