Aarhus Kommune indskriver sig i museumshistorien ved at have verdens ældste friluftsmuseum for byhistorie, Den Gamle By, og være blandt de første til at have et kvindemuseum og et museum med kunst skabt af psykisk udsatte..
Moesgaard Museum har det arkæologiske ansvar for hele Aarhus Kommune, mens Den Gamle By har ansvaret for nyere tids historie i kommunen. Vikingemuseet, der ligger i kælderen 3 m under banken Nordea på Skt. Clemens Torv, er en afdeling under Moesgaard Museum. Vikingemuseet blev indrettet på det sted, hvor banebrydende arkæologiske udgravninger i 1964 for første gang fandt spor af vikingetidens Aarhus.
I samme bygning som Kvindemuseet i Danmark ligger Besættelsesmuseet, der siden 2011 har været en selvstændig del af Den Gamle By. I 2020 åbnes en ny interaktiv udstilling her.
Tre af de kulturhistoriske museer i kommunen har landsdækkende ansvar for et specialområde: Moesgaard Museum, Den Gamle By og Kvindemuseet i Danmark.
Museum Ovartaci fra ca. år 1900 består af en stor psykiatrihistorisk samling, som formidler historierne fra og om Psykiatrisk Hospital i Risskov ved Aarhus, samt et kunstmuseum. Aarhus Søfarts Museum er et lille foreningsejet museum indviet i 2009.
Spejdermuseet Aarhus er stiftet i 1988 af de østjyske afdelinger af Det Danske Spejderkorps, De grønne pigespejdere, KFUM-Spejderne i Danmark og Sct. Georgs Gilderne i Aarhus. Museet drives af frivillige med indtægter fra genbrugs- og loppemarkeder samt spejdernes arbejde i forbindelse med Aarhus Festuge. Derudover kan nævnes Antikmuseet.