Den 1. januar 2008 blev driften af en række kulturhistoriske museer i Dragør Kommune samlet i den nye selvejende institution Museum Amager. Det ældste af disse tidligere selvstændige museer, som siden 2008 har haft status af afdelinger, er Amagermuseet.
Dragør Museumsforening blev stiftet i 1930, og tre år efter åbnede Dragør Museum i det gamle Byforstanderskabshus med udstillinger, der ligesom i dag belyser byens og havnens historie.
I 1974 åbnede Mølsted Museum (Mølsteds Atelier) i marinemaler Chr. Mølsteds atelier i Dragør.
I 2003 overtog Museum Amager fiskekutteren Elisabeth K 571, der sejlede danske jøder til Sverige i 1943 under Besættelsen. Siden etableringen af Museum Amager er det i 2009 blevet udvidet med Danmarks Lodsmuseum i den gamle lodsstation.
Kroppedal Museum i Høje-Taastrup Kommune varetager de arkæologiske opgaver i Dragør Kommune.
