Det kulturhistoriske og arkæologiske ansvar i Haderslev Kommune har Museum Sønderjylland, der har sit sekretariat på Aastrupvej i Haderslev. Sekretariatet er nabo til Museum Sønderjyllands arkæologiske museum, Museum Sønderjylland – Arkæologi, der tematisk dækker alle fire sønderjyske kommuner (Haderslev, Sønderborg, Tønder og Aabenraa) samt Kolding Kommune.
Haderslev Kommune driver tre museer i Haderslev. To af dem ligger i Slotsgade, nemlig Ehlers Samlingen og von Oberbergs Hus. Sidstnævnte fortæller historien om en af Haderslevs ældst bevarede bygninger og dens beboer i renæssancen, bygmester Hercules von Oberberg. Det tredje museum er Slesvigske Vognsamling, der ligger på Simmerstedvej i byens nordvestlige del og rummer en stor samling af historiske hestevogne og kaner.
I Gram driver Museum Sønderjylland det palæontologiske museum Gram Lergrav, hvor der er gjort spektakulære fund af fossiler af hvaler fra for 10-7 mio. år siden.
Endvidere ligger i kommunen Sønderjysk Skolemuseum og Dansk Klokkemuseum, begge i Over Lert, samt Brødrene Grams Historiske Arkiv og Museum i Vojens, der fortæller historien om Sønderjyllands industrielle storhedstid i 1960’erne og 1970’erne.
Stadsarkivet Historisk Arkiv med læsesal ligger i kulturhuset Bispen i Haderslev. Arkivet blev grundlagt i 1946. Under stadsarkivet hører Sønderjysk Arkivsamarbejde, etableret i 2012 for de fire sønderjyske kommuner og Vejen Kommune. I kommunen findes desuden en række lokalarkiver, der er organiseret i Lokalhistoriske Arkiver og Samlinger i Sønderjylland (LASS, oprettet 1979).
