Østfyns Museer, der opstod i 2009 som en fusion af Kertemindeegnens Museer og Nyborg Museum, har det kulturhistoriske og arkæologiske ansvar i Kerteminde og Nyborg Kommuner.
Museumsforeningen for Kerteminde og Omegn blev stiftet i 1935. Samme år købte foreningen renæssancebygningen Farvergården for at indrette Kerteminde Museum, som åbnede i 1937. Foruden genstande fra købstaden og omegnens landsbyer rummede museet en omfattende samling af værker af bl.a. maleren Johannes Larsen, som fra 1937 til sin død i 1961 var museets formand.
I 1983 indrettede museet i samarbejde med kommuneskolen og handelsstandsforeningen den historiske købmandsbutik Høkeren i Trollegade med inventar fra de ældre forretninger i Kerteminde, hvoraf mange lukkede i 1980’erne. Museets kunstsamling blev i 1985 flyttet til Johannes Larsens hjem, der sammen med Svanemøllen blev en del af Kerteminde Museum. Museet har siden udgravningen af oldtidslandskabet Bytoften i 1980’erne stået for formidlingen af den mere end 200 år lange bosætningshistorie på stedet. I 1994 overtog museet driften af Vikingemuseet Ladby.
Det foreningsdrevne og kommunalt ejede Hindsholm Egnsmuseum i Martofte er baseret på landarbejderen Charles Nielsens private samling af lokale arkæologiske fund, landbrugsredskaber og udstoppede fugle, som han i 1995 overdrog til Kerteminde Kommune.
Kerteminde Byhistoriske Arkiv har rødder i to arkiver: et oprettet som en del af Kerteminde Museum i 1955 og et oprettet med kommunal støtte på basis af en privat samling i 1973. I 1991 blev de to arkiver lagt sammen og flyttet til den tidligere biblioteksbygning i Strandgade. Arkivet dækkede oprindelig hele Bjerge Herred, men i 1980’erne og 1990’erne blev der oprettet lokalarkiver i mange af de tidligere sognekommuner. I 2020 omfatter arkivsamvirket i Kerteminde Kommune 11 lokalarkiver.
