Hobro Museum blev stiftet i 1910 og ligger i byens ældste hus, den gamle købmandsgård Enkesædet. Mariager Museum (stiftet 1922) havde i begyndelsen til huse i Håndværkerforeningens ejendom i Teglgade i Mariager, men blev i 1953 flyttet til en købmandsgård fra 1700-tallet i Kirkegade.
Som i resten af landet var de første museer opstået i købstæderne, men i 1948 stiftedes et hjemstavnsmuseum i landsbyen Als. Det er måske det eneste museum i landet, der blev stiftet som aktieselskab, og museet fik allerede med den første museumslov af 1958 statsanerkendelse.
I 1962 stiftedes Hadsund Egnsmuseumsforening, og det indgik i 1976 i en fusion med Als Hjemstavnsmuseum under navnet Hadsund Egnsmuseum, hvorved statsanerkendelsen af Als Hjemstavnsmuseum blev udstrakt til at omfatte hele det fusionerede museum.
Herudover rummer kommunen en række specialmuseer. I 1982 blev Cirkusmuseet grundlagt i Cirkus Miehes gamle vinterkvarter i Rold, Danmarks eneste bevarede cirkusbygning af træ. I et af de gamle kornpakhuse på Hobro Havn findes Lystfartøjsmuseet fra 1990. Vikingecenter Fyrkat, der åbnede i 2002, ligger i umiddelbar nærhed af selve ringborgen og består af ni rekonstruerede huse, der tilsammen udgør en stormandsgård, som man kender den fra Harald Blåtands tid.
Møllehistorisk Samling i Hadsund åbnede som udstillingssted i 2011.
I dag er de mange museer samlet i fusionen Nordjyllands Historiske Museum, der er et statsanerkendt museum med ansvar for Aalborg, Rebild og Mariagerfjord Kommuners kulturhistorie fra oldtiden til i dag. Uden for fusionen står kun den selvejende institution GASmuseet i Hobro, der er et landsdækkende specialmuseum, der formidler historien om gasforsyningen i Danmark.
Ud over de mange museumsafdelinger er der i Mariagerfjord Kommune hele 13 lokalhistoriske arkiver: Als, Arden, Assens, Glenstrup, Hadsund, Hobro, Hvornum, Mariager, Skelund, Sønder Onsild, Veddum, Visborg og Øster Hurup.
Som koordinator af arkivernes arbejde fungerer sammenslutningen Lokalarkiver i Mariagerfjord Kommune. Arkivet i Hobro drives af Nordjyllands Historiske Museum, de øvrige af lokalhistoriske foreninger.
