Nordfyns Kommune har fire kommunalt støttede og foreningsdrevne kulturhistoriske museer. Ansvaret for arkæologi og nyere tids historie varetages af Odense Bys Museer.
Nordfyns Museum blev oprettet som forening i 1920. Efter nedlæggelsen af jernbanestationen i Bogense i 1966 rykkede museet ind i bygningerne. Siden 1980 har museet også varetaget lokalarkivet for Bogense og den tidligere Bogense Kommune.
I 1958 blev Otterup Museum oprettet i den tidligere fattiggård Frelserens Hospital i Otterup. Fattiganstalten blev bygget i 1722 på foranledning af diplomaten og amtmanden Christian Sehested og hustru Charlotte Amalie. Initiativtager til museet var den lokale malermester Georg Andersen, hvis samling af brugsting og møbler danner grundlag for museet.
Besættelsesmuseum Fyn blev i 2013 indrettet i hhv. en gård og en tysk kommandobunker fra 1944 ved Hans Christian Andersen Airport i Beldringe. Museet rummer genstande fra den tyske besættelse og den fynske modstandsbevægelse. I år 2000 åbnede den lokale forening Otterup Kartoffellaug en lille undervisningssamling om kartoflens historie i Danmark under navnet Danmarks Kartoffel Museum på herregården Hofmansgave. Godset var i 1800-tallet et centrum for udvikling af landbruget, herunder kartoffeldyrkning. Kommunen har tre foreningsdrevne, kommunalt støttede arkiver.
I den tidligere Søndersø Kommune blev Søndersø & Omegns Lokalhistoriske Arkiv stiftet i 1979. Den tidligere Otterup Kommunes historie har Otterup Lokalhistoriske Arkiv taget sig af siden 1978, mens Klinte Sogns Lokalhistoriske Arkiv har eksisteret siden 1985.
