Alle de kulturhistoriske museer og besøgssteder på Samsø er samlet under Moesgaard Museum, som har ansvar for nyere tids kulturhistorie og arkæologien på øen. Den gamle købmandsgård i Ballen fra 1840’erne er privatejet og fungerer delvis som købmandsmuseum med mulighed for rundvisning.
Samsø Egnsarkiv (oprettet 1974), der varetager kommunens historiske arkivalier, drives siden 1977 af Samsø Museum. Derudover findes Slægts- og Lokalhistorisk Forening Samsø, der råder over slægts- og lokalhistorisk materiale.
