Det statsanerkendte Museum Silkeborg har kulturarven i Silkeborg Kommune fra de ældste tider til i dag som sit ansvarsområde. Silkeborg Museum blev splittet op i 1960’erne, hvor kunstsamlingen blev selvstændig.
I 2009 fusionerede Silkeborg Museum med det statsanerkendte Blicheregnens Museum i Thorning, ca. 20 km nordvest for Silkeborg. I 2012 kom Papirmuseet Bikuben (i dag: Papirmuseet i Silkeborg) med i fusionen, som fik navnet Museum Silkeborg. Den tidligere Silkeborg Papirfabrik lægger lokaler til Papirmuseet, der viser udstillinger om papir og papirproduktion. I Thorning huser den tidligere præstegård Blicheregnens Museum med en samling af St. St. Blichers værker og ejendele. Silkeborg Kommune er også hjemsted for en række foreningsdrevne museer. Ældst er Them Museum med en historie tilbage til 1924, men nævnes må også Jysk Brandmuseum, Silkeborg Bunkersmuseum på Silkeborg Bad, Søhøjlandets Landbrugsmuseum og Silkeborg Spejdermuseum. Den privatejede samling af biler og motorcykler, Jysk Automobilmuseum, i Gjern fremviser omkring 160 køretøjer fra perioden 1900‑87.
Silkeborg Arkiv har siden 2005 haft status af stadsarkiv, hvilket betyder, at arkivet har ansvar for arkivalier fra den kommunale forvaltning. Silkeborg Biblioteks første leder, Peder Kristian Nielsen, mente i 1918, at biblioteket måtte have en lokalhistorisk samling. Samlingen kunne i 2018 fejre 100-års jubilæum. Den lokalhistoriske samling har haft egen leder og eget personale siden 1974. I de tidligere kommuner Gjern og Them var der oprettet foreningsdrevne lokalarkiver, som efter Strukturreformen i 2007 er fortsat som Lokalhistorisk Arkiv for tidligere Gjern Kommune og Egnsarkivet for tidligere Them Kommune. Arkivet i tidligere Kjellerup Kommune – Lokalarkiv Blicheregnen – har siden 2009 været en del af Museum Silkeborg.
