Museum Sønderjylland driver tre besøgssteder i Tønder Kommune. Det drejer sig om dobbeltmuseet Kulturhistorie Tønder og Kunstmuseet i Tønder på Wegners Plads, som rummer både moderne nordeuropæisk kunst, det fine vestslesvigske kunsthåndværk og en udstilling af Hans J. Wegners møbelkunst i byens gamle vandtårn. Dernæst er der det fornemt restaurerede barok‑hus Drøhses Hus på gågaden og Højer Mølle, der fortæller om livet i marsklandet og Vadehavet gennem tiderne.
Ved siden af de offentligt finansierede museer formidler en række foreningsdrevne museer den lokale historie. Zeppelin‑ & Garnisonsmuseum Tønder ligger nord for byen, hvor tysk militær i 1915 anlagde en base for luftskibe. Zeppelin‑museet rummer en stor samling af fotografier og genstande fra perioden, bl.a. uniformer, våben og bygningsdele fundet i området.
På arkivområdet arbejder Lokalhistorisk Arkiv for Gl. Tønder Kommune inden for rammerne af de gamle kommunegrænser, dvs. Tønder, Møgeltønder, Abild, Hostrup og Ubjerg Sogne. Her opbevares primært privat arkivmateriale, herunder fotos, breve og foreningsprotokoller samt ældre lokalaviser. Arkivet er stiftet i
1982 og drives primært af frivillige kræfter. Derudover findes der 12 lokalhistoriske arkiver i kommunen. Også de drives af frivillige. Lokalarkiverne er organiseret i Samvirke for Lokalhistoriske Arkiver i Tønder Kommune.
