Viborg Museum har ansvaret for arkæologi og nyere tids historie i Viborg Kommune. Museet er statsanerkendt. Viborg Museum driver også det lille museum E Bindstouw samt Hvolris Jernalderlandsby.
Det ligeledes statsanerkendte Energimuseet ligger ved Tangeværket.
Viborg Kommune har en del ikkestatsanerkendte museer herunder Bruunshaab Gl. Papfabrik.
Det fondsejede Kongenshus Naturcenter, der åbnede i 2005, præsenterer hedens natur og kulturhistorie, mens det privatejede besøgscenter Daugbjerg Kalkgruber og den selvejende institution Mønsted Kalkgruber giver gæster mulighed for at besøge de unikke kalkgruber. I Mønsted Kalkgrubers bestyrelse sidder repræsentanter fra kommunen og Viborgs erhversorganisationer. Violinisten Anker Buch købte Mønsted Kalkgruber i 1981 og benyttede dem bl.a. til koncerter. Han solgte kalkgruberne til Naturstyrelsen i 1997.
Kommunen har en del udstillinger og mindre museer, som hver især drives af frivillige i en støtteforening. Her kan nævnes Gudenådalens Museum i Bjerringbro, Prinsens Livregiments Mindelokaler på Viborgs gamle kaserne, Daugbjerg Minilandsby (grundlagt 1994, færdigbygget 2007) og Ulbjerg Traktormuseum (oprettet 1991 på lokalt initiativ).
Grønhøj er en af Alhedes kolonistbyer. Ved Grønhøj Kro ligger et hus med en samling, der fortæller kolonisternes historie. Her er også en udstilling med genstande fra film, der bygger på Morten Korchs bøger, og en mindestue for syv besætningsmedlemmer af et engelsk Lancasterfly, som styrtede ned nær Grønhøj i 1942.
På det psykiatriske hospital i Søndersøparken (Regionspsykiatrien Midt) er en fast udstilling om sygehusets historie og forholdene for patienterne fra 1875 og frem til i dag.
Rigsarkivet, Viborg er placeret centralt i byen. Der er lokalarkiver i Bjerringbro, Karup, Tjele, Stoholm, Møldrup og Løgstrup. Endelig er der Viborg Lokalhistorisk Arkiv, som organisatorisk er en del af Viborg Museum.
