Landskaberne langs Limfjordens østlige del omfatter alt fra intensivt landbrugsland og vidtstrakte lavbundsarealer til byer med storindustri, kridtgrave og tæt bebyggelse såvel som betydelige våde og tørre naturområder.
Med 16,1 % dækker de bebyggede områder forholdsvis meget af kommunens areal. Landbruget dominerer i oplandet omkring bl.a. Kongerslev, Sejlflod, Øster Hassing, Storvorde og Klarup, hvor det dækker op mod 70‑90 % af arealet. For hele kommunen svarer den samlede andel af landbrug stort set til landsgennemsnittet på 60‑61 %. Skovarealet ligger med 12,1 % under landsgennemsnittet på 16,0 % og er især samlet i plantagerne omkring bl.a. Sønderholm, Hammer Bakker og Hals . Ligeledes rummer kommunen store områder med våd natur, som med 9,6 % overstiger landsgennemsnittet. Vådområderne findes hovedsagelig omkring Lille Vildmose , ved Mou, langs Limfjorden og i ådalene ved Lindenborg Å.
Kombinationen af højtliggende kalk i undergrunden og generationers intensiv dyrkning har givet problemer med forhøjet nitratindhold i grundvandet. For at beskytte grundvandet er der siden 1990’erne gennemført en ret omfattende skovrejsning, bl.a. ved Drastrup sydvest for Aalborg. Ud over at sikre drikkevandet fungerer skovene samtidig som bynære rekreative områder. Med sine ekstensivt afgræssede småheder og overdrev mellem store, skovklædte bakkepartier udgør Hammer Bakker det mest markante naturområde nord for fjorden. Syd for fjorden er Lille Vildmose langt det største sammenhængende naturområde.
Områderne omkring Lindenborg Gods, Nibe og Aalborg er præget af århundreders landbrug med både kornavl og kvægbrugssædskifter. Som et resultat af 1800- og 1900-tallets betydelige dræning og afvanding strækker landbrugslandskabet sig i dag helt fra bygrænserne og det højereliggende morænelandskab til ådalene og de lavtliggende Littorinaflader langs kysten. Især efter Danmarks indtræden i EF i 1973 er kornarealerne øget. Samtidig er svine- og fjerkræproduktionen steget, så den i dag udgør næsten 70 % af det samlede antal dyreenheder. Således huser kommunen flere store svinebedrifter, men også en del kvæg- og planteavlsbedrifter på over 500 ha.
Ved sammenlægninger er den gennemsnitlige bedriftsstørrelse i Aalborg Kommune næsten tredoblet i perioden 1971‑2010, så den i 2010 med 68,5 ha oversteg landsgennemsnittet på 64,2 ha. Der er dog mange fritids- og deltidsbrug, som er så små, at de ikke længere tæller med i den officielle landbrugsstatistik. Fritidslandbrugene viser sig til gengæld i statistikken ved et hestehold, der målt pr. areal er ca. det dobbelte af landsgennemsnittet. Også andelen af frilandsgartneri og væksthusarealer udgør mere end det dobbelte af landsgennemsnittet på 1 %. Mens arealet med frilandsgrøntsager især de senere år har været stærkt stigende, har væksthusarealet gennem flere årtier været for nedadgående.
Landbrugets strukturudvikling og tendensen til, at færre ønsker at bo på landet, har medført, at flere og flere huse og driftsbygninger bliver overflødige. I Aalborg Kommune drejer det sig potentielt om 6.576 landbrugsbygninger, som står tomme og forfalder. Tilsammen har bygningerne et areal på ca. 1,3 mio. etagekvadratmeter, hvilket er det syvendehøjeste tal blandt alle landets kommuner.
Der dyrkes forholdsvis meget korn. Vårkorn udgør næsten 20 % af landbrugsarealet, men som i resten af landet har andelen af vårkorn været vigende siden 1970’erne. I 1980 udgjorde vårkorn således mere end 95 % af kornarealet.
Samlet set rummer Aalborg Kommune en blanding af mange forskellige driftsgrene, herunder produktion af industriafgrøder som græsfrø og melkartofler (i alt 6 % af arealet) samt en del grovfoderafgrøder som majs til fodring af kvæg. Andelen af økologisk landbrug er derimod forholdsvis lav og dækker et samlet areal, der ligger ca. 30 % under landsgennemsnittet.
Hovedparten af kommunen dræner til Limfjorden. Kun områderne helt ude ved Kattegatkysten, med bl.a. sommerhusområderne omkring Hals, og det nordøstligste hjørne af kommunen har afløb til Ålborg Bugt via Gerå. De lavbundede bredninger ved Halkær, Nibe og Gjøl er særligt sårbare over for næringsstofforurening, og af hensyn til både dyre- og plantelivet er de alle omfattet af forskellige former for beskyttelse og fredninger.
