Kommunens kulturlandskab går tilbage til oldtiden, og stednavne med rod i jernalderen blev ført videre i middelalderens landsbyer. Ved middelalderens begyndelse blev der etableret 19 kirker i landsognene, om end Viby Sogn blev nedlagt i 1555. Fra 1200-tallet ejede kongemagten den strategisk beliggende borg Hindsgavl, som blev udgangspunkt for det kongelige len.
Langt størstedelen af det område, som i dag udgør Middelfart Kommune, var en meget frugtbar agerbygd, og skov- og overdrevsbygden var begrænset til nogle få kystsogne. Mod slutningen af 1600-tallet var omkring halvdelen af jorden under dyrkning. Der blev næsten udelukkende benyttet tovangsbrug; de eneste undtagelser var Ejby, som havde et trevangsbrug, samt Føns og Husby, hvor der var alsædebrug.
Grevskabet Wedellsborg, som opstod i 1672 på baggrund af herregårdene Iversnæs og Tybrind, havde store besiddelser i den sydvestlige del af kommunen. I skovene på Wedellsborg Banker findes der fortsat nogle af landets største systemer af højryggede agre.
Omkring år 1800 var ca. 10 % af kommunens areal skov og ca. 8 % eng. Frem mod 1881 voksede det dyrkede areal til ca. 80 %, mens skovarealet faldt til ca. 7 %. Derudover blev flere mindre kystnære vådområder inddæmmet. Det største var den 110 ha store inddæmning af Føns Vang i slutningen af 1700-tallet.
Wedellsborgs fæstebønder overgik først til selveje i 1916. På Tybrinds jorder blev der i hhv. 1927 og 1955 etableret op til 20 statshusmandsbrug. Jernbanen Nyborg-Middelfart åbnede i 1865 med stationer i Gelsted, Ejby, Nørre Aaby og Kauslunde, som der opstod store stationsbyer omkring. I 1866 blev banen forlænget til Strib, men blev i 1935 afløst af en forbindelse til Fredericia over den nye Lillebæltsbro. Derudover havde Middelfart 1911‑66 jernbaneforbindelse til Bogense og Odense (via Brenderup). Efter 1950 blev der anlagt sommerhuse ved Vejlby Fed, Varbjerg Strand og Brostrand.
