Silkeborg er en decideret skovkommune, og i visse sogne er helt op til mellem to tredjedele og næsten hele arealet dækket af skov. Kommunen rummer også betydelige byområder, dels ved Kjellerup, Them og Bryrup, men særligt i og omkring Silkeborg, Svejbæk og Virklund, der de seneste årtier er vokset betydeligt.
Ud over søerne, skovene og Gudenå er Silkeborgegnen også kendt for sit kuperede, naturrige terræn med de imponerende Gjern Bakker nordøst for Silkeborg. Dertil kommer hederne i vest og de tilgroede indlandsklitter omkring Vrads mod syd. Kommunens areal af tørre naturtyper ligger med sine 2,4 % dog en smule under landsgennemsnittet på 2,7 %.
Derudover er Silkeborg også en landkommune med udprægede landbrugsområder, mest markant ved bl.a. Levring, Vinderslev, Lemming og Vium/Thorning Sogne, hvor 64‑83 % af arealet dækkes af landbrug eller gartneri. Med en samlet andel på 46,3 % er det da også landbrug og gartneri, som i dag dominerer arealanvendelsen i kommunen. Andelen er dog betydelig lavere end landsgennemsnittet på ca. 61 %. De højeste opdyrkningsgrader findes på de lerede og mere fint sandblandede lerjorder mod nord og øst, mens de sandede smeltevandsterrasser og de organiske jorder i lavbundsområderne langs Gudenå og de øvrige vandløb er mere ekstensivt dyrkede med vedvarende græsarealer og en generelt mere blandet arealanvendelse.
Den gennemsnitlige bedriftsstørrelse ligger betydelig under landsgennemsnittet. I 2010 lå den på ca. 43 ha mod 62 ha på landsplan. Det skyldes især de mange fritids- og deltidsbedrifter, som er en populær bosætningsform på landet. De omfatter ofte et hobbyhusdyrhold, hvilket ikke mindst antydes af andelen af heste, der udgør hele 2 % af dyreenhederne i Silkeborg Kommune. Også andelen af ammekøer er forholdsvis høj. Alligevel er det erhvervslandbruget, der dominerer landbrugsproduktionen. Kvægproduktion, i særdeleshed malkekvæg, er det mest almindelige husdyrhold. De blandede jorder samt de vedvarende græsarealer i ådalsstrøgene med rige afgræsningsmuligheder er da også mest velegnede til grovfoderproduktion for drøvtyggere med en del majs og en stor andel af græs i omdrift. Mod øst og mod nord er der dog også en betydelig svineproduktion, der falder sammen med en stor andel af kornafgrøder.
De kuperede arealer og ferske vande er særlig følsomme over for fosfor, og problemer med erosion fra landbrugsjorder og brinker er derfor et særligt fokusområde. Desuden kan luftbåren ammoniak fra husdyrproduktionen påvirke de følsomme tørre naturtyper. Bedriftsstrukturen og de mange ekstensive driftsformer tæt på naturområderne betyder dog, at kommunens problemer er forholdsvis små i sammenligning med dens omkringliggende, mere landbrugsintensive nabokommuner.
