Også i det traditionelle bondeland var det mere eller mindre påtvungne fællesskaber, der dominerede de sociale relationer og naturressourceudnyttelsen. Perioden fra middelalderen frem til de store reformer i slutningen af 1700-tallet kaldes ofte for fællesskabstiden. Og det var især to former for fællesskab, betegnelsen sigter imod.
Det ene fællesskab fandtes mellem på den ene side den ganske lille klasse af kirkelige og verdslige herremænd, som med kongen i spidsen juridisk betragtedes som jordens ejere, og på den anden de fæstebønder, som i praksis forestod produktionen. Fæsterne lejede godsejernes jord mod betaling af faste årlige afgifter. Men de var desuden underkastet herremandens myndighed, hvilket bl.a. kom til udtryk i en udefineret pligt til arbejde – såkaldt hoveri – på dennes egen herregård. Herremanden og hans undertiden hundredvis af fæstebondefamilier var altså bundet sammen i et modsætningsfyldt fællesskab.
Herregårdenes overordnede geografiske fordeling i 1500- og 1600-tallet var ikke tilfældig. De fleste og de største fandtes på de næringsrige jorde i Nord- og Østjylland, på Fyn, Sjælland og Lolland-Falster. I Midtjylland var de fleste herregårde små og med få tilhørende fæstere, mens der langs Vestkysten strakte sig et bånd af ganske store gårde fra Ørumgård i nord til Endrupholm i syd. De sidstnævnte nød alle godt af de sammensatte produktionsmuligheder i en egn præget af kornavl, husdyrgræsning, fiskeri og handel. Men mellem dem såvel som mellem alle andre danske herregårde var der andre grundlæggende forskelle end størrelse og naturgeografi, nemlig vægtningen af herregårdens egen avl mod fæstegodsets.
Langt de fleste steder havde godsejeren sin største indtægt fra fæsternes afgifter. Det var især tilfældet, hvor fæstegodset var så spredt, at ugentligt hoveri på herregården ikke var en praktisk mulighed. Men gennem 1500- og 1600-tallet steg den økonomiske betydning af herregårdens egen jord, det såkaldte enemærke, og hoverikravet til fæsterne blev tilsvarende skruet i vejret.
Det andet fællesskab, som har givet perioden navn, var mellem fæstebønderne indbyrdes. Det angik langtfra alle, for på midt- og vestjyske hedejorde og i kuperede, tætte østdanske og vendsysselske skovlandskaber dominerede enkeltgårde, der lå for sig selv. Men overalt, hvor gårdene klumpede sammen i landsbyer, var deres beboere fælles om en betydelig del af landskabets rigdomme. Det gjaldt som regel skove og græsningsarealer, mens ager- og engjorden som hovedregel var fordelt mellem de enkelte fæstere. Til gengæld skete fordelingen normalt på sådan en måde, at hver gård havde 50‑100 lange, smalle jordlodder fordelt mellem hinanden. Så selv om den enkelte bonde stod for driften af sine egne lodder, forudsatte den en nøje koordinering med landsbyens øvrige bønder. Og når engen var slået og marken mejet, blev alle byens husdyr græsset i fællesskab på bymarken.
Historikerne har med god grund spekuleret en del over, hvorfor man konsekvent valgte denne tilsyneladende uhensigtsmæssige jordfordeling. Hensynet til ligelig fordeling mellem god og dårlig jord kan have spillet ind, men det kan næppe alene forklare den radikale opsplitning. Forklaringen skal snarere søges i bøndernes forkærlighed for store sammenhængende græsningsarealer. For agerjordens fragmentering indebar en gensidig forsikring om, at ingen kunne finde på at indhegne sin agerjord, sådan at den kunne blive holdt ude af græsningsfællesskabet. Det ville simpelthen ikke kunne svare sig. Den nærmest absurde jordfordeling var simpelthen det højt værdsatte græsningsfællesskabs pris.
De danske landsbyer havde i fællesskabstiden mange forskellige former, som i det væsentlige blev bestemt af landskabets helt lokale topografi. I fladt sletteland var der som regel plads til store, cirkulære bebyggelser omkring en åben plads, en såkaldt forte. I kuperet terræn måtte gårdene og de veje, der løb langs dem, oftere sno sig i en eller flere lange rækker. På de fede jorde mod øst lå gårdene ofte så tæt sammen, at stråtag rørte stråtag. Det blev et alvorligt problem, hver gang ilden kom ud af kontrol, og det skete forholdsvis ofte. På de lette jorde mod vest var landsbybebyggelsen ofte betydelig mere spredt.
Overalt var landsbyen et socialt og til dels arbejdsmæssigt fællesskab snarere end blot en bebyggelsesmæssig enhed. Det var de fælles beslutninger på landsbystævnet, der knyttede gårdene sammen, og i en del landsbyer var gårdens plads i landsbyen ydermere nøgle til dens andel af bymarken. Agerstriberne i marken fulgte simpelthen i mange tilfælde den samme rækkefølge som gårdene i landsbyen. Og samtidig lagde middelalderens landskabslove tydeligvis op til, at en landsbys jord fra tid til anden skulle omfordeles ved fornyet rebning, dvs. opmåling ved hjælp af et reb. Derfor kunne det være en god idé at have en nøgle for jordfordelingen i bredden af den jord i landsbyen, som gården lå på, den såkaldte toft. Dennes andel af summen af samtlige toftebredder kom således til at angive gårdens andel af jord i bymarken. Der vides imidlertid ikke meget om, hvor ofte sådanne omfordelinger faktisk fandt sted. Men der findes helt indtil de sidste årtier inden 1700-tallets endegyldige ophævelse af markfællesskabet eksempler på, at landsbyer er blevet rebet om.
Det var dog som nævnt langtfra alle bondegårde, som indgik i landsbyernes græsnings- og beslutningsfællesskab. Mange var enkeltgårde, der lå for sig selv, og enkeltgårdens jord var ikke fælles med andre. Den var, akkurat som herregårdsmarken, enemærke. Til denne gruppe af enkeltgårdsbebyggelser knyttede sig tillige en række andre enligt beliggende bygninger, spredt i det åbne land. Mest iøjnefaldende gjaldt det de mange vandmøller, der i sagens natur var lokaliseret efter vandløb og ikke efter landsbyer. I de fleste landsdele var vandmøller fra begyndelsen af middelalderen indtil udbredelsen af vindmøller i 1800-tallet nemlig helt dominerende med hensyn til forvandlingen af korn til mel.
Gårdenes langstrakte, smalle agre klumpede sig som regel sammen i små grupper omgivet af krat eller sumpjord. Fra ganske få og indtil 30‑40 agre kunne udgøre en sådan sammenhængende dyrkningsflade, kaldet en ås, et fald eller agerskifte. Så tydeligt genkendelige i landskabet var disse åse som regel, at bønderne gav dem navn for at kunne skelne dem fra hinanden: Askeløkke, Bredagre, Digestykkerne osv. Og alt efter hvor i landet man var, indgik et større antal åse så i den overordnede struktur af marker, som fulgte et mere eller mindre fast sædskifte.
Den første større teknologiske fornyelse siden oldtiden kom til landet engang i løbet af middelalderen. Overalt havde man siden bondestenalderen behandlet markerne med en såkaldt ard, som reelt er en kraftig harvetand af træ, som ved at blive trukket efter et forspand kunne løsne jorden. På de stiveste lerjorde kom den imidlertid til kort, og derfor førte det til betydelig forbedrede dyrkningsmuligheder, da hjulploven vandt indpas. Dens betydning skyldtes dog ikke så meget hjulene som dens kombination af et vandret jernskær med en skråtstillet plade, en såkaldt muldfjæl. For muldfjælen vendte den opskårne fure og bidrog dermed til forvitring og omsætning af markjorden. På lette jorde ville en sådan jordbehandling imidlertid nemt kunne resultere i udtørring og erosion, så her fortsatte arden (også kaldet en krog) længe som den dominerende plovtype.
Fællesskabstidens fæstegårde og herregårde gav anledning til ganske forskelligartede landskaber. Landsbyernes markstruktur resulterede i et afvekslende mosaiklandskab med mange overgangszoner og gradienter af dyrkningsintensitet. Herregårdslandskabet var som regel præget af større, sammenhængende dyrkningsflader, men også ofte af lavere udbytter, fordi husdyrholdets gødningsproduktion sjældent stod mål med arealets størrelse. Det blev især synligt, da der gennem 1500- og 1600-tallet skete en kraftig udvidelse af mange herregårdes marker på bekostning af bondejorden.
Fæstegårde – undertiden hele landsbyer – blev ved den lejlighed nedlagt, for at herremanden kunne få mere jord under egen plov. Men driften skete stadig som hoveri, hvilket ikke var særlig effektivt. I forbindelse med herregårdenes udvidelse under 1500-tallets økonomiske højkonjunktur blev der ofte opført nye hoved- og avlsbygninger. Middelalderens befæstede borganlæg blev erstattet af pralende repræsentationsarkitektur. Og marken blev adskilt fra bondejorden med stendiger.
Fra midten af 1500-tallet og 200 år frem blev der på landsplan nedlagt mindst 770 bondegårde ved udvidelser af herregårdsmarker. Men bortset fra dem var antallet af danske bondegårde forbløffende konstant fra 1500-tallet frem til ca. år 1800. Det betød imidlertid ikke, at befolkningstallet også var det. Dels kom der især i periodens sidste del stadig flere husmænd til. De boede enten i lejligheder i gårdene eller i huse med lidt eller slet ingen jord på en gårds grund eller på landsbyens fælles jord. Dels var der i ganske mange gårde ikke kun én fæster med familie, men to. Ikke sjældent var der tale om to brødre eller far og søn, men oftest var det blot to familier, der var tilfældigt sammenbragt af herremanden.
Ikke hele landbrugslandskabet hørte dog til enten herregårdene eller fæstegodset, for også alle købstæder havde landbrugsjord. De var nok bymæssige bebyggelser, men de fleste var små og havde kun få bygninger med flere etager. Det, som adskilte dem fra landsbyerne, var især privilegier med hensyn til handel og håndværk. Ikke desto mindre beskæftigede en betydelig andel af deres indbyggere sig på hel- eller deltid med landbrug, og i alt hørte omtrent 1,5 % af landets landbrugsjord til købstæderne. Købstadsmarkernes størrelse vekslede dog betydeligt, og nogle købstadsjorder var særdeles vidtstrakte. Det gjaldt fx Slagelses, om hvilke man med henvisning til Roskildes mange kirker sagde, at »Roskilde ringen og Slagelse møg-agen får aldrig ende«.
På grund af deres handelsprivilegier spillede købstæderne en aktiv rolle for landbosamfundets vareudveksling. Det var her, bonden afsatte sine produkter, og det var her, han købte de genstande, som hverken han selv eller landsbyens smed eller tømrer kunne fremstille. Men med tiden satte købstaden også på anden vis sit præg på oplandet. Allerede i 1600-tallet dækkede landets største købstad, København, således sin vandforsyning gennem rør, som strakte sig adskillige kilometer uden for bygrænsen.
Mange steder synes markjord i købstædernes nærhed at have haft et højere næringsindhold end landets gennemsnit, velsagtens fordi gødning fra byernes lokumstønder bidrog til den lokale landbrugsøkologi. Mest iøjnefaldende var dette samspil i forholdet mellem de indvandrede hollandske bønder på Amager og hovedstadens befolkning. »Lorteøens« bønder modtog gødning fra borgerne, som til gengæld kunne købe prægtige grøntsager på Amagertorv.