Langs Isefjord syd og nord for Kyndby Huse findes et meget varieret landskab af strandenge, rigkær, væld, kystlaguner og strandsøer samt stejle skrænter og bakker med overdrev og græsland. Det tørre klima og skrænternes varierende jordbund danner grundlag for et særdeles rigt planteliv, som omfatter flere sjældne og usædvanlige arter. Således er skrænterne et af landets få voksesteder for både himmelblå lungeurt og storblomstret brunelle. De vokser sammen med en række andre udprægede tørbundsarter som svalerod, blodrød storkenæb, mat potentil, grenet edderkopurt, knoldranunkel, knoldet mjødurt, nikkende kobjælde, hulkravet kodriver og skovkløver. I de fugtige lavninger vokser desuden leverurt, engblomme, engtroldurt og kødfarvet gøgeurt. Området rummer også kalkrige kær, der er levested for den sjældne, millimeterstore skæv vindelsnegl, som Danmark iflg. EU’s habitatdirektiv er forpligtet til at beskytte.
I havet ud for kysten ligger velbevarede stenrev. Blandt de største er Kyndby Rev og Sælø, som fra vandoverfladen rækker ned til 5‑6 m’s dybde. Begge har et tæt algedække om sommeren og er levested for en række forskellige snegle, muslinger, søstjerner, krabber, rurer, søpunge, mosdyr og fisk.
For at beskytte områdets særlige planteliv blev ca. 11 ha af kystskrænterne omkring Kyndby Bakker fredet i 1988. Derudover er Kyndby Kyst med Kyndby Rev og Sælø og de omkringliggende havområder udpeget som habitatområde.
