I øst afgrænses Aalborg Kommune af Kattegat, mens Limfjorden gennemskærer kommunen i nord. Det giver kommunen en samlet kystlinje på 225 km.
De sydlige Limfjordskyster veksler mellem udbredte strandengsområder fra Nørrekær Enge øst for Aggersund til Aalborg og maleriske kystlandskaber omkring Nibe, Sebbersund og Halkær Bredning. Ved Aalborg og Nørresundby er kysterne udviklet til by og rekreation, mens kysterne i Limfjordens østligste del, Langerak, er inddæmmede. På begge sider af Limfjordens udløb ved Hals vidner de udstrakte marine forlande med strandvolde, laguner og foranliggende barriereøer mod Kattegat om den landhævning og kystudvikling, som er foregået siden stenalderen. Dengang lå bakkerne ved Storvorde og Mulbjerge som øer i Littorinahavet.
