Hele Esbjerg Kommunes 114 km lange kyst ligger ud til Vadehavet og strækker sig fra Varde Ås udløb i Ho Bugt i nord til ca. 2 km nord for Rejsby Ås udløb i syd samt rundt om Mandø. Kysterne er tidevandsdominerede, og ved Esbjerg ligger forskellen mellem højvande og lavvande på ca. 1,5 m. Tidevandet betyder, at vadefladerne ud for kysten kan være tørlagte flere kilometer ud ved lavvande. Dette er bl.a. tilfældet langs kysten syd for Esbjerg, hvorimod vandet ud for kysten nord for Esbjerg er dybere, da det afgrænses af Hjerting Løb, som er den nordlige forgrening af tidevandsløbet Grådyb. Kysterne rammes jævnligt af stormfloder, som kan give vandstande på over 4 m i Esbjerg og mere end 5 m ud for Ribe. For at beskytte det lave marskland mod oversvømmelse er der derfor bygget diger langs det meste af kyststrækningen syd for Esbjerg. Det omfattende digebyggeri har ændret kystens udseende betydeligt, men i nord, mellem Esbjerg og Varde Ås udløb, kan man stadig finde kortere strækninger med klintkyster.
Af de større vandløb, som har udløb i Vadehavet, er Varde Å det eneste, som ikke er slusereguleret. De lavtliggende marskenge ved Kravnsø og Myrtue i Varde Ådal oversvømmes derfor regelmæssigt, og Tarphagebroen må lukkes ved stormflod. Mellem Myrtue og Marbæk er stranden foran klit- og bakkeølandskabet bred og sandet. Langs stranden findes mindre strandvolde, som markerer, hvor langt op bølgerne har påvirket kysten under de seneste større højvander. Foran det ældre klitlandskab findes der desuden et bælte med nyere klitdannelser, som adskilles af en markant erosionsskrænt. Disse klitdannelser vidner om, at der ikke har været hændelser med meget høj vandstand og bølgepåvirkning i en årrække. Mellem Marbæk og Vesterstrand ligger den aktive Marbæk Klint, der bidrager med sediment til denne stræknings kystudvikling. Fra Vesterstrand og ned mod Hjerting er den lave kystklint bevokset, og for at sikre klinten mod erosion er der flere steder etableret skræntfodsbeskyttelse og andre kystbeskyttelsesanlæg. Skræntfodsbeskyttelsen består af en jævnt skrånende flade ned mod stranden. Fladen er sået til med græs, og på stranden er der lagt brudsten. Langs den nordlige halvdel af Hjerting Strand er der anlagt en fin strandpromenade, som også er beskyttetmod erosion af brudsten. Bag den sydlige del af stranden findes et lavt klitlandskab.
Mellem Hjerting Strand og Sædding Strand er kysten og den lavtliggende ådal med Sønderris Bæk beskyttet af et dige, der både forhindrer oversvømmelse af ådalen og erosion af kysten. Langs den godt 3 km lange sandede Sædding Strand er der desuden etableret skræntfodsbeskyttelse. Bag stranden har kysten præg af park.
I den nordlige del af Esbjerg Havn er det nye byområde Esbjerg Strand ved at tage form. Byområdet opbygges med en nordvendt strandpark med kunstige klitter og en bagvedliggende lagune. Ved høj vandstand kan lagunen lukkes mod Grådyb af en stormport.
Selv om størstedelen af Esbjerg ligger forholdsvis højt på Esbjerg Bakkeø, trues havnen og enkelte ældre havnekvarterer af oversvømmelse under stormflod. Den højest målte vandstand i Esbjerg Havn forekom under stormfloden d. 24. november 1981, hvor vandet nåede 4,22 m op over middelvandstanden (DVR90). Siden indvielsen i 1874 er havnen udbygget flere gange; senest med en udbygning af Østhavnen på ca. 1 mio. m2.
Møllebæk og Novrup Bæk løber gennem det lave marsklandskab og ud i Vadehavet sydøst for Esbjerg Havn. Det korte Novrup Dige ligger her lidt tilbagetrukket fra kysten, men ellers er baglandet fra Tjæreborg mod syd beskyttet af store havdiger. Foran digerne findes en bræmme af marsk, og for at holde på det finkornede sediment er der mange steder etableret slikgårde med faskiner. Ud mod Vadehavet ses ofte en forlandskant, hvor bølgerne har eroderet i marsken, mens store vadeflader strækker sig flere kilometer videre mod vest.
Etableringen af deciderede havdiger begyndte først efter stormfloderne i hhv. 1909 og 1911. Fra nord til syd ligger først Darum-Tjæreborg Dige, Ribe Dige og syd for Ebbevejen til Mandø Rejsby Dige. Digerne er bygget, så de kan modstå kraftige stormfloder. Hvor stærke digerne er, afhænger af deres opbygning, vedligeholdelse og alder samt de gældende vandstands- og bølgeforhold. Vadehavsdigernes styrke er hidtil blevet vurderet af Kystdirektoratet med ca. ti års mellemrum.
Darum-Tjæreborg Dige er 6 km langt og godt 6 m højt og beskytter et område på 1.864 ha. Med en samlet længde på 18,5 km er Ribe Dige kommunens længste.
Ud over Kammerslusen ved Ribe Ås udløb er der også opført sluser ved udløbene af Sønderris Bæk, Sneum Å, Darum Bæk, Kongeå og Vester Vedsted Bæk. Desuden er der anlagt ramper på begge sider af diget til Ebbevejen og Låningsvejen til Mandø. Foran diget mellem Kongeåslusen og lidt syd for Kammerslusen findes et op til 1 km bredt forland, og videre vestpå strækker sandvaderne Læggen og Peelrevet sig flere kilometer ud i Vadehavet.
Fra Vester Vedsted mod syd beskyttes baglandet af Rejsby Dige, som også kaldes Kong Christian den Tiendes Dige. Diget beskytter godt 3.600 ha, hvoraf størstedelen dog ligger i Tønder Kommune. Det blev etableret 1923‑25 og er blevet forstærket flere gange. Under byggeriet af diget blev digesjakket d. 30. august 1923 overrasket af en stormflod; vandstanden nåede 4 m op over middelvandstanden, og næsten en snes arbejdere mistede livet i bølgerne.
I Rejsbydiget er der etableret en sluse ved Råhede i Esbjerg Kommune. Resten af digets sluser ligger i Tønder Kommune mod syd. Ved Råhede Vade og Rejsby Klint er der etableret et bredt forland foran diget. Vest herfor strækker vaderne Hviding Nakke og Rejsby Stjært sig flere kilometer ud i tidevandsområdet ved Juvre Dyb.
