Kommunen har en 125 km lang, snirklet kystlinje, som kan inddeles i tre forskellige kystafsnit: strækningen mellem Bjergkammer og Bøjden, der ligger delvis beskyttet i Helnæs Bugt, Horne Lands eksponerede kyst samt den beskyttede kyst med Faaborg Fjord og Nakkebølle Fjord i øst. Dertil kommer otte småøer. Selv om denne del af landet har oplevet en relativ havspejlsstigning siden Littorinahavets tid, er marine forlandsdannelser stadig vidt udbredte langs kysterne, som veksler mellem sandede badestrande og mere stenede områder.
I nordvest ligger Bjergkammer på en tidligere moræneø. Det marine forland mod nord gennemskæres af Hattebæk, hvis udmunding er forlagt mod nord, hvilket viser, at også sedimenttransporten går mod nord. Kysten ved Bjergkammer er beskyttet mod erosion af stenhøfder og stenbræmmer. Strandvoldssletten syd for Bjergkammer har mere end otte strandvolde, der i den nordøstlige del fortsætter til Faldsled Havn.
Illum er den største af øerne i Helnæs Bugt og består af to tidligere moræneøer, der er forbundet af marine dannelser. Øen har adskillige odder og drag, der omslutter afsnørede strandsøer, samt et vinkelforland mod øst. Via den lille ø Horsehoved hænger Illum næsten sammen med Vigø, og tilsammen yder de læ for kysterne i Helnæs Bugt, om end de selv er eksponeret for bølger fra sydvest.
På nordkysten af Horne Land er der forlandsdannelser ved Drejet og Noret. Drejet er en lang odde, der vokser mod nord og nordøst fra Hesseløje og omkranser Alne Nor. Den yderste del af odden er delt i to: en nordlig aktiv del og en sydlig del, som har været inaktiv i 75‑80 år. Det betyder, at mens den nordlige odde er i vækst, er hele den vestlige del af Drejet under erosion og må beskyttes af ca. 50 små stenhøfder. Kysten øst for Hesseløje er en tilgroningskyst, som afbrydes af istidsdannelser, der stikker frem som små forbjerge.
Bøjden Nor (Noret) vest for Bøjden havde tidligere forbindelse til havet via en åbning mod sydvest. Dragene og odderne, der omslutter Noret, har bl.a. ophæng i en tidligere moræneø ved pynten Kalvøre.
Den vestlige del af Horne Land er eksponeret mod vest, og det lange frie stræk over Lillebælt fører til en del bølgeerosion af kysterne. I syd består Horne Lands kyst hovedsagelig af en kystklint, som på lange strækninger er under erosion. Kun ved Sinebjerg er der marint forland, som også er under erosion. Det sedimentfattige strandplan er smalt og falder brat ned mod Lyø Krog, så der blot 200‑300 m fra kystlinjen er 10 m dybt.
I den sydøstlige ende af Horne Land ligger Knolden, der er en tidligere moræneø, som i dag er forbundet med fastlandet af et drag. I læ af Knolden ligger Noret, der er ved at udvikle sig til en afsnøret strandsø, da krumodderne på østsiden af Knolden efterhånden når næsten ind til Horne Land. Det betyder også, at når den østlige odde rammer Horne Land, vil Knolden være dobbeltdragforbundet med Fyn. Mod syd er der et langt frit stræk til Lyø og Avernakø, og sydsiden af Knolden er derfor en klintkyst under erosion.
Kysten langs Faaborg er kunstigt fastholdt. Nordvest for havnen er der palisadeværk langs vandet, og hver parcel har sin egen bro. Havnen rummer både en lystbådehavn samt en færgehavn med forbindelse til flere af øerne. Sydøst for havnen er der en stensætning, som afgrænser kyststien fra vandet. Ved Faaborg Feriecenter er der en kunstig badestrand, men ellers er både strand og strandplan sedimentfattige. Ned til Holstensprøve er kysten sedimentfattig og præget af mange små stenhøfder. Syd for Holstensprøve ligger det ca. 1 km lange Katterød Rev, som man kan gå på ved normal vandstand, og som tørlægges ved ekstraordinært lave vandstande.
Længere mod syd bliver kysten atter til en klintkyst, der fremstår erosiv med en smal, stenet strand og et sedimentfattigt strandplan. I bunden af den lille bugt ved Nab ligger en smal strandvoldsslette. Der er en del sand på det indre strandplan, og sedimenttransporten foregår fra både vest og syd.
Mellem Nab og Fjællebroen er kysten beskyttet af et fladt strandplan, der strækker sig langt ud fra kysten. Øst for Eskemose Have og langs dele af Inddæmningen findes et lille marint forland med en tilgroningskyst, mens de øvrige strækninger har smalle, stenede strande. I den nordvestlige del af Nakkebølle Fjord er der en del små stenhøfder.
Øerne Lyø, Bjørnø, Avernakø, Kidholm og Store og Lille Svelmø udgør en del af Det Sydfynske Øhav. Det vidtstrakte ørige er et druknet morænelandskab, hvor de højeste partier af istidslandskabet strækker sig op over havoverfladen som øer.
