Frederikshavn Kommunes kystlinje på ca. 163 km er blandt de længste i landet. Kommunen har kyster mod både Skagerrak og Kattegat, hvilket giver en meget varieret kystlinje. De to farvande mødes ved Grenen, som er Danmarks nordligste odde og en såkaldt retodde. Som følge af vejr og vind skifter spidsen af Grenen hele tiden position, og Skagen Odde-komplekset udbygges mod nordøst med en del af de ca. 1,5 millioner m3 sand, der årligt føres med den nordgående strøm op langs Jyllands vestkyst. Selv om oddens nordligste del stadig udbygges, sker der samtidig erosion af kysterne langs både Skagerrak og Kattegat.
Kysten er især dynamisk i den nordlige del af kommunen. Siden 1990’-erne har kysten mellem Skiveren over Kandestederne og nordøstpå til Højen rykket sig op til 3 m tilbage om året. Samtidig flytter vinden rundt på materialerne, først og fremmest sandet, hvilket kommer til udtryk i de mange nyere klitdannelser i rimme-doppelandskabet langs kysten. På det meste af denne strækning er processerne uproblematiske, da der ikke ligger ejendomme tæt ved kysten. Det er dog ikke tilfældet omkring Højen, hvor såvel de historiske dele af byen som sommerhusene er truet af erosion. Mellem byen og Højen Fyrvej er der derfor etableret en række høfder, som sammen med en skråningsbeskyttelse skal bremse kysterosionen. Kommunen har desuden planer om yderligere høfder, renovering af eksisterende høfder samt sandfodring på udvalgte steder.
Også kysten mellem Grenen og Skagen samt området syd for Skagen Havn er udsat for erosion. Her er der etableret ca. 40 bølgebrydere, som sammen med en skråningsbeskyttelse ud for Skagen Fyr skal stabilisere kysten. Lastbiler har i en del år også fragtet sand fra Skagen Nordstrand sydpå for at fodre og beskytte kysten mellem Grenen og Skagen.
I modsætning til Skagerrak er Kattegat ofte et roligt farvand. Når vestenstorme raser, og vandet fra Nordsøen og Skagerrak presses ind i Kattegat, kan vandstanden dog stige op til 1,5 m. Samtidig kan bølgerne bøjes rundt om Grenen og nå de nordligste Kattegatkyster. Østenstorme kan også skabe betragtelige bølger, men ledsages oftest af lavere vandstand, fordi vandet fra Kattegat presses ud i Skagerrak.
På strækningen fra Hulsig til Ålbæk Havn og videre mod Strandby og Frederikshavn er kysten sandet og flader gradvis ud. Bag stranden er der laguner, strandenge og fugtige lavninger. Mindre vandløb og dræningskanaler løber flere steder ud i Kattegat, men vinden og den deraf følgende materialetransport flytter jævnligt udløbene mod enten syd eller nord. Generelt er kysten her dog ret stabil, idet der visse steder sker en opbygning af kysten, mens der andre steder foregår en beskeden erosion. Anlæggelsen af Strandby, Rønner og Frederikshavn Havne har betydet, at kystlinjen her ikke har kunnet udvikle sig naturligt.
Mellem Frederikshavn og Sæby består kystbeskyttelsen af høfder. Der er generelt et underskud af sediment, og især under kraftige storme med høj vandstand bliver der eroderet af kysten. Bag den nuværende kyst ud for Gærum bærer hhv. 60 og 13 m høje kystklinter fra både Yoldia- og Littorinahavet vidnesbyrd om områdets geologiske udvikling. Landskabet stiger gradvis, jo længere man kommer ind i landet, og afspejler således den landhævning, som er foregået siden stenalderen.
På den flade kyst mellem Sæby og Lyngså er der lave, sandede klinter og lidt klitdannelse. Syd for Lyngså skifter kystens orientering, og ved Stensnæs, hvor kysten drejer mod sydvest, dannes der odder. Kysten mellem Lyngså og Voerså og videre til Sønder Sørå er en tilgroningskyst med et vidstrakt og meget lavvandet område, som strækker sig op til 1 km ud fra kysten. Her når revlerne flere steder over daglig lavvande og danner små øer.
Voerså Fiskerleje er anlagt i udløbet af Voers Å omkring 500 m længere ude end det oprindelige fiskerleje. For at muliggøre besejling er åens udløb yderligere forlænget med moler 700 m videre ud fra havnen.
De varierede kyster giver også et afvekslende dyre- og planteliv. Skagerrakkystens urolige hav og skiftende sandbund betyder, at havbundens dyre- og planteliv er ret artsfattigt. Langs høfderne kan fx klørtang, blæretang og savtang dog finde fodfæste, og dyr som rur, søanemone, søstjerne og alm. strandkrabbe holder til mellem stenene.
Unge gråsæler kan af og til ses ligge på Grenens spids, og ved Nordstrand kan man tit opleve marsvin, som fouragerer tæt på land.
På Kattegatkysten bliver havet roligere, jo længere sydpå man kommer, og livet på havbunden bliver gradvis mere mangfoldigt. Dette når sit højdepunkt ved Stensnæs og videre sydpå, hvor kysten bliver til en strandengs- og tilgroningskyst. Her er vandet roligt, og der er udbredte ålegræsbevoksninger. På den bare sandbund findes bl.a. alm. sandmusling, østersømusling, alm. hestereje og sandorm, mens ålegræsset er levested for bl.a. tangsnegl, tangmyside, fjordreje, tangspræl og tangnål.
Flere steder på kysten syd for Frederikshavn er der fine strandengsområder, som er vigtige lokaliteter for træk- og ynglefugle. Her yngler bl.a. rødben, klyde, stor præstekrave, engpiber og dværgterne, og i træktiden raster både lysbuget og mørkbuget knortegås her blandt en række andre vand- og vadefugle.
Ud for kysten mellem Frederikshavn og Haldbjerg ligger flere stenrev. Revene er levested for en række dyr og planter, ligesom de er vigtige opvækstområder for mange fiskearter. Ud for Strandby nord for Hirsholmene ligger desuden et område, hvor udsivende metan fra havbunden danner flere meter høje »skorstene« af sammenkittet sand på havbunden. Disse såkaldte boblerev har også et rigt dyre- og planteliv.
