Horsens Kommunes ca. 72 km lange kystlinje omfatter den inderste del af Horsens Fjord med øen Vorsø samt kysten rundt om øen Endelave i Kattegat. Langs den nordlige del af Horsens Fjord strækker kysten sig ca. 14 km fra Skablund Skov i øst til Horsens Lystbådehavn i vest, mens den sydlige, ca. 6 km lange fjordkyst strækker sig fra Horsens i vest til Nørremark i øst.
Landskabet er kuperet både nord og syd for fjorden, og bl.a. øst for Stensballe når det højder på op til 84 m.o.h. Langs hele kyststrækningen findes lave klinter med små foranliggende sten- og grusstrande. Hist og her er der også mindre oddedannelser, heriblandt Husodde, der er opbygget af materiale, som er eroderet ud af klinterne og derefter transporteret langs kysten.
Mellem Brakør Skov og Skablund Skov ud for den nordlige fjordkyst ligger et lavvandsområde med øen Vorsø. Da det frie stræk i fjorden er kort, er energiniveauet lavt, og bølgepåvirkningen begrænset. Det samme gælder forskellen mellem høj- og lavvande, som med ca. 50 cm er forholdsvis beskeden. Til gengæld kan de vandstandssvingninger, som optræder i forbindelse med vindstuvning, være en del større. Nord for Horsens og Stensballe Sund ligger Nørrestrand, der har en karakteristisk tilgroningskyst med strandeng. Syd for Horsens Havn, hvor Klokkedal Å løber ud i fjorden, ligger også en lille strandeng.
Langs fjordens sydside findes talrige store sten, der bl.a. benyttes som hvilepladser af ederfugle og toppede skalleslugere samt af de spættede sæler, der sammen med gråsæler følger fiskestimerne ind i fjorden. Horsens Fjord har også store forekomster af blåmuslinger, som er genstand for et vist fiskeri. I vinterhalvåret udnyttes fjorden desuden som rasteplads af andefugle som hvinand og bjergand.
