Sønderborg Kommune har en 251 km lang og meget varieret kystlinje. Den strækker sig i nord fra udløbet af Blå Å, rundt langs halvøerne Sundeved og Broager Land, forbi Egernsund og videre til Munkemølle midt i Møllebugt i sydvest. Dertil kommer kysterne rundt om Als og Kegnæs. Bortset fra den udlignede nord- og nordøstvendte kyst på Als er kysterne irregulære og eksponeret mod farvande af forskellige størrelser, hvilket giver en meget varieret bølgepåvirkning.
Siden stenalderen har området været udsat for en relativ havspejlsstigning, og kysten er derfor et druknet istidslandskab med mange stejle klinter og kun få områder med marint forland. Mens der kun er ca. 10 cm’s forskel på høj- og lavvande, kan der forekomme store udsving i vandstanden i forbindelse med vindstuvninger, hvor Øresund og bælterne danner en flaskehals for vandudvekslingen mellem Østersøen og Kattegat. Området blev ramt særlig hårdt af stormfloden i 1872, hvor vandstanden på sydspidsen af Broager Land nåede 3,6 m over normal vandstand. Også stormfloden d. 2. januar 2019 gjorde indtryk, og i Sønderborg blev der målt en vandstand på 1,62 m over normalen.
Mellem udløbet af Blå Å og Snogbæk Huk er kysten eksponeret mod Als Fjord, og strandbredden er smal og stenet med et sedimentfattigt strandplan. Fra Snogbæk Huk fortsætter den smalle kyst mod syd langs Als Sund, hvor træerne flere steder vokser helt ned til kysten. Syd for Sønderborg breder farvandet sig ud i Sønderborg Bugt. Her findes en lille badestrand, der er beskyttet af både havnen og stenhøfder, som har samlet sand. Syd for stranden ligger en klintkyst, der er præget af erosion, med en stenet strandbred. Kysten drejer ind i den 25 m dybe bugt, Vemmingbund, der er opstået som en inderlavning i sidste istid. Inderst i bugten findes et af kommunens få marine forlande samt en god badestrand. Forlandet består af inaktive strandvolde, afsnørede strandsøer og to små vinkelforlande. Sydøst herfor ligger den op til 30 m høje Stensigmose Klint, hvor man kan se aflejringer fra næstsidste istid, Saale, mellemistiden Eem og sidste istid, Weichsel. Den østvendte kyst ned til Kragesand på sydspidsen af Broager Land består overvejende af lave kystklinter med en smal foranliggende og oftest stenet strand.
Pynten ved Kragesand er et vinkelforland med en bred sandstrand. Herfra drejer kysten mod nordvest, så den kommer til at vende ud mod Flensborg Fjord. To kilometer nordvest for Kragesand ligger Skelde Vig, som, før den blev afsnøret af strandvolde og groede til, strakte sig 1 km længere ind i land.
Kysten frem til Brunsnæs er en fladkyst, og stranden langs Flensborg Fjords nordside er smal, sandet og stenet. Hvor energiniveauet er lavest, fortsætter rørskovene helt ned til vandet. Ved Iller Strand ligger resterne af et havneanlæg, som blev brugt til udskibning af tegl, og langs kysten kan man derfor finde store mængder af fejlbrændte tegl.
En væsentlig del af kysten ud for Egeskov og rundt langs Egernsund er fastholdt med høfder samt af stensætninger ved indsejlingen til Nybøl Nor. Vest for Egernsund er der bademuligheder ved Alnor Strandpark. Den resterende kyststrækning til Knudsmade er karakteriseret ved smalle, ofte grusede og stenede strande.
Nordkysten af Als vender ud mod Lillebælt, der er åben og med store vanddybder. Kraftige vinde fra nordlige retninger er sjældne, men når de forekommer, medfører de en voldsom påvirkning af kysten. I denne ende af øen er der flere, mindre marine forlande, bl.a. mellem Hellesø Klint og Nørreløkke, hvor der er afsnørede strandenge med småsøer, og ved Augustenhof, hvor Nordborg Bæk har sin udmunding. Her ligger også en campingplads bag en sandstrand. Mellem de marine forlande findes lave, erosive klinter med smalle, sandede og grusede strande. På det nordligste Als findes endnu et marint forland, som bl.a. huser Købingsmark Strand. Ud for kystens nordligste punkt ligger grunden Tranesand, der er et sandet strandplan med adskillige revler.
Den nordøstorienterede kyst mellem Tontoft Nakke i nord og Gammel Pøl i syd er eksponeret mod Fyn og Det Sydfynske Øhav med et frit stræk på ca. 10 km og vanddybder på mere end 35 m. Det gør kysten udsat, når det stormer fra østlige retninger. Kyststrækningen er udlignet, og den dominerende kysttype er klintkyster, der ofte er erosive.
Mellem Tontoft Nakke og vinkelforlandet Tranerodde er de første 5‑6 km af kysten retlinet, stranden er smal, og på strandplanet ses adskillige revler, mens de sidste 3 km er sedimentfattige. Ud for Bostedhoved er strandplanet sandet, men ellers er området sedimentfattigt, og ved Taksensand Fyr 3‑4 km mod sydøst er der stenbrolægning på stranden. Få kilometer længere mod sydøst har molerne ved Fynshav fanget sand og skabt en lille strand syd for havnen. Mellem Fynshav og Pølshuk ligger Mommark Klint, hvor hele lagserien fra mellemistiden Eem er blottet. Moler og stenhøfder ved Mommark Havn har skabt en lille sandstrand syd for havnen. Sydkysten mellem Gammel Pøl (Birkepøl) og Kegnæshøj har et stort frit stræk i sydøstlig retning mod Femern og Heiligenhafen i Tyskland, og kysten fremstår derfor afrundet. Tidligere lå der en bugt lige vest for Gammel Pøl (Birkepøl), men den blev efterhånden afsnøret fra havet af strandvolde og opfyldt af ferskvandsdannelser. I dag udgør den moseområdet Søen. Ved Drejby og videre nordøstpå findes en 3 km lang sandstrand.
Halvøen Kegnæs er forbundet med Als via Drejet, der er en naturlig landtange, en såkaldt tombolo. Kegnæs’ kystlinje har et uregelmæssigt forløb, og ved Østerby var der tidligere en bugt, der nu er afsnøret og tilgroet. Her finder man også et af kommunens få områder med klitter. På det nordligste punkt af Kegnæs ligger et vinkelforland med en afsnøret strandsø og en retodde, der bygger ud mod nordøst i Hørup Hav.
Vestkysten af Als er uregelmæssig med talrige halvøer og vige. Mellem Hellesø Klint i nord og Sønderborg i syd er kysten eksponeret mod vest, men det frie stræk til den jyske kyst er så kort, at energipåvirkningen er begrænset.
Kysten omkring Sønderborg fastholdes med stensætninger. I den sydlige del af byen er der dog flere gode og populære badestrande som Fluepapiret og Den Sorte Badestrand. Sydøst for byen strækker Sønderskov sig helt ud til kysten, og her ligger den moseomkransede strandsø Fredsmade, der er adskilt fra havet af en smal landtange. Mod nordøst findes en retlinet klintkyst, men blot et par kilometer før Høruphav breder kysten sig ud i et vinkelforland med en strandsø i midten og en udbygning af krumodder mod nordøst.
Henholdsvis øst og nord for Augustenborg ligger Mjang Dam og Ketting Nor, der tidligere udgjorde to bugter, som strakte sig ind i landet. Kysterne ud mod Augustenborg Fjord er smalle og stenede. Den lille ø Katholm ud for Egen Næs har smalle sandodder i begge ender. Inderst i Sandvig findes en sandstrand med spredte store sten og med en bagvedliggende strandeng. Den mest snørklede kyst finder man ved Stegsvig på det nordvestlige Als. Via et smalt sejlløb er det muligt at sejle ind i Dyvig og videre til Mjels Vig. Begge vige er runde med høje klinter og indgår i et større system af tunneldale.
