Landskabet i Lejre Kommune er grundlæggende dannet af isen i slutningen af sidste istid. Den nordlige del af kommunen, egnen mellem Isefjord og Roskilde Fjord, består af et jævnt, bølget morænelandskab, der bl.a. kan ses syd for Kirke Hyllinge. Nord for Kirke Hyllinge brydes det jævne landskab af et antal stejle bakker, som Stejlebjerg på 37 m, nordvest for herregården Krabbesholm. Det bølgede morænelandskab fortsætter videre syd- og østpå til egnen omkring Vester Såby og mellem Osted og Roskilde. Det gennemskæres af dybe dale og lavninger, som Elverdamsådal på grænsen til Holbæk Kommune, Lavringe Ådal, Ledreborg Ådal og de nordlige forgreninger omkring Kornerup.
Nogle steder skifter landskabet karakter til et småbakket dødisterræn med mange afløbsløse lavninger. Det er tilfældet i egnen mellem Rye og Kirke Sonnerup samt i den centrale del af kommunen syd og øst for Kirke Såby. Mellem Nørre Hvalsø, Kisserup og herregården Skullerupholm er landskabet plant, da det udgør bunden af et større, tidligere issøbassin.
Helt forskelligt fra det åbne moræneland er Det Midtsjællandske Skovhøjland, der udgør den sydligste del af kommunen og strækker sig ind i Ringsted Kommune. Det usædvanlige bakkelandskab består af talrige bakker med kommunens højeste naturlige punkt, Skovbakke på 113 m.o.h. Landskabet i kommunen er også præget af landskabsudviklingen efter istiden. Marint forland, dvs. flader af hævede strand- og havbundsaflejringer, kanter istidslandskabet ud mod de sydligste dele af Isefjord og Roskilde Fjord.