Lejre Vig er en ca. 8 km lang fjordarm i bunden af Roskilde Fjord. Vigen er præget af stejle kystskrænter og strandenge med rørskov af tagrør. De lavvandede, næringsrige fjordområder rummer mængder af muslinger, krebsdyr, snegle og småfisk, der tjener som føde for adskillige arter af måger, terner, ænder, svaner og vadefugle. Uden for yngletiden er fjorden et vigtigt fouragerings- og rasteområde for bl.a. troldænder, pibeænder og blishøns.
Skovholmene består af fem små holme på i alt 1,1 ha i bunden af vigen. Holmene er lave og flade, og her vokser planter som strandkvan og de sjældne samel og farvevajd. Af fugle kan nævnes toppet og gråstrubet lappedykker, knopsvaner, grågæs og ederfugle. Her er også en stor koloni af sølvmåger.
