Sydvest for Store Magleby op mod Hovedgrøften på grænsen til Tårnby Kommune brydes landbrugslandskabet af Lergravene, hvor naturen i dag har fået friere rammer. I det knap 5 ha store område veksler smålunde og krat med åbne arealer og moser samt to søer i de for længst opgivne lergrave. Jordbunden er ret fugtig, hvilket afspejles i plantelivet, der bl.a. omfatter lodden dueurt, alm. fredløs, kattehale, trævlekrone, engkabbeleje, djævelsbid og engnellikerod. Derudover huser Lergravene også mere usædvanlige eng- og overdrevsplanter som kødfarvet gøgeurt, pilealant og dunet vejbred. Insektlivet er rigt, men udgøres hovedsagelig af almindelige arter. Ynglefuglene tæller især mange småfugle. Både småfugle og rovfugle kan også være talrige i træktiden, mens mange andre trækfugle kan ses, når de overflyver området på vej mod rastepladserne på bl.a. Kalvebod Fælled og Sydamagers strandenge.
Lergravene er af Dragør Kommune udpeget som et område med særlige biologiske værdier. Her må tilstanden ikke ændres, hvis det medfører forringelser for dyre- og plantelivet.
