Møgeltønder Kirke rummer et væld af kalkmalede udsmykninger fra mindst tre perioder, hvoraf malerierne fra 1550‑60 på skibets vestvæg er enestående. Fladerne er udfyldt af forskellige kampscener i en detaljeret udført, arkitektonisk ramme. Fra samme tidsrum stammer kirkens stolestader.
Kirken er rigt dekoreret med ung- og højgotiske kalkmalerier samt dekoration fra renæssancen. De gotiske billeder udgøres af scener fra både Det Nye og Gamle Testamente, Jesu barndomshistorie og dagligliv, mens den ornamentale dekoration, som udfylder murfladen mellem scenerne er eftermiddelalderlig. Malerierne er desværre meget hårdhændet restaureret af August Wilckens 1894-98, der supplerede de oprindelige motiver, hvorved de mistede en del af deres originale præg.
Møgeltønder Kirkes indre er præget af tilhørsforholdet til Schackenborg, herunder fx Schackenborgs stol, et pulpitur fra 1692 med tilhørende trappehus på kirkens nordside. Kirkens barokke orgel, bygget af en orgelbygger fra Hamborg, stod færdigt i 1679 og er i sin helhed landets ældste endnu fungerende kirkeorgel.
