Mørkhøj ligger i et let bølget morænelandskab fra sidste istid, der mod sydøst går over i Gyngemose. Gyngemose blev gennemskåret, da Hillerødmotorvejen blev anlagt. Mosen er nu fredet sammen med Høje Gladsaxe Park.
Mørkhøj er et boligområde i Gladsaxe Kommunes sydlige del mellem Hillerødmotorvejen og Motorring 3. Bebyggelsen veksler regelmæssigt mellem etageejendomme og tætte parcelhusområder. Mod øst ligger offentlige og private institutioner, og nord for boligområdet et erhvervskvarter.
