Der er gennemført en del arkæologiske undersøgelser af den middelalderlige landbebyggelse i kommunen, hvoraf flere var målrettet nedlagte landsbyer. To af disse er Vestby og Kunderslev i Hornsherred, hvor der er dokumenteret stolpebyggede huse og store mængder metalfund fra tidlig middelalder. Omhyggelig registrering af metalfundene har vist, at bebyggelserne opstod allerede i yngre jernalder. Et lignende billede tegner sig ved en række andre middelalderlandsbyer, heriblandt Græse nord for Frederikssund, Landerslev i Hornsherred samt Jordhøj og Manderup ved Slangerup, der dog kun er undersøgt ved afsøgning med metaldetektor.
Ved Oppe Sundby er der undersøgt dele af en gårdtomt, som blev nedlagt ved udskiftningen. Det kunne iagttages, at hovedbygningen har ligget samme sted siden tidlig middelalder. I sin ældste byggefase ca. 1050, der afspejler landsbyens anlæggelse, rummede toften en hovedbygning, et par mindre bygninger samt et grubehus. Den nedlagte landsby Tollerup nord for Oppe Sundby, der, ligesom en vandmølle ved Sillebro Å, er nævnt i flere skriftlige kilder fra tidlig middelalder, har tillige været udgangspunkt for en større udgravning. Her blev der udgravet flere lergulve og rester af syldstensforløb fra senmiddelalderlige hustomter, der overlejrer stolpebyggede huse fra den ældre del af middelalderen. Desuden blev der udgravet to store kampestensbyggede kældre. Herudover er der kendskab til flere vandmøller langs Græse Å.
Hovederhvervet i middelalderen var landbruget. Dog skete der som følge af pesten og den senmiddelalderlige krise strukturelle ændringer, som man især kan følge i Horns Herred. Her ejede Roskildebispen i 1300-tallet hele fire herregårde, hvoraf Vestby, Dråby og Skuldelev forsvandt efter 1370. De store gårde, der endnu i 1370 dyrkede 60 % af jorden, blev herefter udstykket til fæstegårde. Jorden blev dyrket af herregårdenes oprindelige landarbejdere, gårdsæderne, af hvilke en betydelig del blev indrulleret i gårdmandsstanden. Kun Selsø, nævnt første gang i 1288, overlevede som herregård. Hvor bønderne i 1300-tallet især producerede korn, holdt de i senmiddelalderen også dyr. De betalte i høj grad deres afgifter i penge, hvilket viser, at bønderne indgik i en handelsstruktur, der involverede pengeøkonomi. På den anden side af Roskilde Fjord dyrkede bønderne på Æbelholt Klosters besiddelser i højmiddelalderen også hvede som nogle af de første i landet. I Isefjord fangede man i senmiddelalderen bl.a. marsvin.
Slangerup, der er vokset frem omkring en kongsgård, nævnes første gang i 1056 som kong Erik Ejegods fødested, og kongen byggede byens store kirke af frådsten. Byen er i Kong Valdemars Jordebog fra ca. 1231 opført som kongelev, dvs. som en del af kronens embedsgods. Cirka 1170 fik byen et nonnekloster af cistercienserordenen, der i 1523 blev omdannet til et kongeligt len. Slangerup, der oplevede alvorlige økonomiske problemer i 1400-tallet, var på dette tidspunkt hjemsted for det årlige Bolsmessemarked d. 17. juni og for Try herredsting. En borgmester nævnes første gang i 1460. Skibbys store kirke fra 1100-tallet daterer sikkert bysamfundets opkomst. Byen er sammen med skoven Hornsved anført som kongelev i Kong Valdemars Jordebog og står opregnet som Sjællands mindste by i købstadslisten ti år senere.
Frederikssund nævnes første gang i 1516 som Sundby, hvor der fandtes et færgested til Horns Herred.
Augustinermunkene grundlagde antagelig i 1130’erne et kloster på Eskilsø i Roskilde Fjord.
Den mest betydningsfulde middelalderlige herregård var Abrahamstrup (i dag Jægerspris), der knyttes sammen med kong Erik Menveds dronning Ingeborg. Med sikkerhed er den dog først kildebelagt i første halvdel af 1300-tallet under kong Valdemar Atterdag, der købte og mageskiftede sig til godset. Ved reformationstiden lå der 51 gårde under godset.
Herregården Svanholm, der nævnes første gang i 1346, flyttede uden for den gamle kirkelandsbys jorder, da landsbyen forsvandt omkring 1450. I Kyndby fandtes desuden Kindholm (Kyndbyholm), der i 1300-tallet tilhørte adelsslægten Krag. Denne blev ødelagt under Grevens Fejde 1534‑36, og jorden kom siden under Svanholm.
Mere om bebyggelse og erhverv i kommunen
