Hovederhvervet var landbrug. Arkæologiske undersøgelser har vist, at man især dyrkede byg, havre og hør samt mindre mængder rug. Man har kunnet udnytte strandoverdrevet til at holde får og kvæg, idet man har satset på sekundære produkter som uld og mælk, men også kødproduktion har spillet en rolle, især i 1300- og 1400-tallet. Dertil kom rige muligheder for handel og fiskeri. Øresunds nærhed har betydet, at bønderne efter høsten har haft mulighed for at deltage i det årlige store sildefiskeri her. Ved middelalderens slutning begyndte torske- og ålefiskeriet at spille en større rolle end tidligere. I senmiddelalderen betalte bønderne en stor del af deres afgifter i penge, hvilket vidner om, at de da i høj grad solgte deres produktionsoverskud. Amager lå under Københavns Slots fadebur, og øen tjente i høj grad som byens spisekammer. Ud over København havde bønderne også den mulighed at sælge deres landbrugsoverskud til de hanseatiske købmænd på det lokale marked i Dragør. Dermed indgik bønderne i en interregional handelsstruktur, der involverede pengeøkonomi.
Kong Erik Emune havde i 1135 overdraget to bol i Tømmerup og et bol i Tårnby til oprettelsen af et præbende ved domkirken i Lund, men siden overtog Roskilde bispestol hele øen. Kong Valdemar den Store overdrog i 1160’erne København sammen med det meste af byens opland til biskop Absalon. Disse besiddelser testamenterede ærkebispen i 1186 sammen med det gods, som hans slotshøvedsmand på Københavns Slot havde opkøbt siden 1160’erne, til Roskilde Domkirke. Denne overtog godsgaven efter Absalons død i 1201. Slotshøvedsmandens opkøb må have været de besiddelser på Amager, som hhv. kong Knud den Hellige og Erik Emune havde overladt til Lund Domkirke og klosteret i Ringsted i hhv. 1085 og 1135. Dog nævnes Amager stadig i ølisten i Kong Valdemars Jordebog fra 1231, hvor kongen måske har forbeholdt sig jagtretten.
I 1370 ejede Roskildebispen i den nuværende kommune seks gårde i Maglebylille, fire gårde i Tømmerup, fire gårde i Kastrup og fire gårde i Tårnby, mens de fem bol i Ullerup, Viberup og den nu forsvundne bebyggelse Udlunde lå under selve bispens ladegård, der formodentlig lå mellem Tårnby og Store Magleby. Maglebylille eksisterer heller ikke længere, men landsbyens udjævnede tomter ligger i den vestlige del af den nuværende Københavns Lufthavn.
I 1416 inddrog kong Erik af Pommern København, og hermed fulgte alt det gods, der lå under Københavns Slot, så hele Amager kom ind under kronen.
Saltholm nævnes blandt kongens besiddelser i ølisten i Kong Valdemars Jordebog, men man ved, at kongen allerede i 1230 havde bortgivet øen til Roskilde bispestol. I 1521 overlod Christian 2. øen til hollænderne på Amager; her kunne de bryde kalksten, en ret, de efter 1541 blev nødt til at dele med bønderne i Tårnby.