På den anden side af Limfjorden lå siden tidlig middelalder kongemagtens Aggersborg. Denne borg blev ødelagt af de oprørske nørrejyske bønder i 1086, men siden genopført. Borgen blev igen afbrændt af oprørske jyske stormænd i 1358, og Niels Eriksen Gyldenstierne til Ågård måtte i 1373 forpligte sig til at genopføre borgen, som den så ud før oprøret Under det nørrejyske bondeoprør i 1441 afbrændte bønderne atter borgen, som ikke blev genopført.
Den mest betydelige middelalderlige kirkeinstitution i den nuværende kommune var Vitskøl Kloster, som kong Valdemar den Store oprettede i 1158 som tak for at undslippe Blodgildet i Roskilde og sejren over sin rival kong Svend på Grathe Hede året før. Til klosterets oprettelse skænkede Valdemar sit fædrene gods i »Withscuele«. Dette var oprindelig gods, der var konfiskeret af kongemagten. I de følgende årtier fik klosteret yderligere omfattende godsgaver af kongemagten, som stort set overdrog alle de kongelige besiddelser i Vesthimmerland, herunder også Livø, til klosteret, idet kongemagten i 1231 kun havde ubetydelige besiddelser i Vindblæs tilbage.
Vitskøl Kloster fortsatte med at have kongernes bevågenhed og fik ud over den kongelige beskyttelse skattefrihed, sit eget birk (Åle Birk) samt vrag- og fiskeret.
Især i løbet af 1400-tallet erhvervede klosteret yderligere omfattende jordbesiddelser, der i den nuværende kommune koncentrerede sig i området ned mod Limfjorden. Klostersamfundet fungerede igennem middelalderen som en væsentlig økonomisk institution i Vesthimmerland. Ifølge klosterets jordebog fra 1552, der gengiver besiddelsessituationen, som den må have været ved Reformationen, havde klosteret på dette tidspunkt 145 gårde, fire møller samt Livø i Himmerland og 112 gårde og en mølle i Vendsyssel. Klosteret koncentrerede sig om dyrkningen af byg, rug, havre og produktionen af smør, og hertil kom fangst af sild og ål. Ved Reformationen gik Vitskøl over i kronens besiddelse.
Fiskerettighederne i Bjørnsholm Å var i senmiddelalderen gentagne gange stridspunkt mellem de lokale godsejere. Sagen blev afgjort i 1493, ved at biskop Niels Glob af Viborg mæglede mellem Erik Ottesen Rosenkrantz til Bjørnsholm og Mouritz Nielsen Gyldenstierne til Ågård.
I Testrup lå der i senmiddelalderen et kloster med et betydeligt hospital, indviet til Sankt Katarina i 1439. Her lå også en helligkilde, Sankt Sørens Kilde, hvor der voksede et velbesøgt kildemarked frem. Hospitalet modtog i begyndelsen af 1500-tallet ret betydelige godsgaver, men var under Grevens Fejde 1534-36 udsat for overgreb fra de lokale bønder, der bemægtigede sig nogle af dets jorder. Bønderne blev siden som straf tvunget til at overdrage nogle enge til kongen, der i 1550 lagde dem til hospitalsgodset. Ved Reformationen blev hospitalet overtaget af kongemagten.
Lerkenfeld er den eneste herregård i kommunen, hvor der i dag er bevaret dele af det middelalderlige anlæg, idet kapellet er opført i begyndelsen af 1500-tallet. Herregården selv nævnes første gang i 1455, men er uden tvivl ældre. Den nuværende hovedbygning ligger på et højmiddelalderligt voldsted omgivet af voldgrave.
