Frem til slutningen af 1500-tallet strakte en 200 ha stor fjordarm sig fra Als Fjord gennem Mjels Vig og østpå ind i landet til Brandsbøl syd for Nordborg. Omkring 1590 blev den inderste del af fjordarmen inddæmmet, hvilket skabte Mjels Sø og Bundsø. De to søer lå i forlængelse af hinanden og blev udnyttet som fiskedamme.
Først i 1850 begyndte en egentlig afvanding af den tidligere fjordarm. Der blev gravet en afvandingsgrøft mellem de to søer, og en vindmølle blev installeret for at pumpe vandet væk. Møllen var dog ikke effektiv nok og blev i 1867 erstattet af en dampmaskine. Afvandingen blev slået tilbage, da en stormflod i november 1872 ødelagde diger og sluser og rev dampmaskinen ned i afvandingsgrøften, og først fire år senere var afvandingsanlægget genopbygget. Både Mjels Sø og Bundsø blev stort set tørlagt, om end Bundsø mod slutningen af 1800-tallet førte en kortvarig tilværelse som lavvandede karpedamme. Med støtte fra staten blev søerne endeligt afvandet og kultiveret 1941‑48.
Som årene gik, begyndte den udtørrede søbund at sætte sig. Dyrkningen blev mere og mere besværlig, og efterhånden lå jorden i Mjels Sø i vid udstrækning hen som brakareal. På foranledning af Nordborg Erhvervsråd blev der i november 2002 afholdt et informationsmøde på Nordborg Rådhus. Her lykkedes det at få en aftale i stand med de fremmødte lodsejere, så der kunne iværksættes de nødvendige forundersøgelser for at genskabe Mjels Sø som et Vandmiljøplan II-projekt.
Efter en større jordfordeling opkøbte Aage V. Jensens Fonde 55 ha af de vandlidende arealer, og i partnerskab med det daværende Sønderjyllands Amt, Nordborg Kommune og Skov- og Naturstyrelsen blev projektet sat i værk. Pumperne blev slukket i november 2005, og kun godt tre måneder efter rejsegildet havde den nyskabte Mjels Sø nået sin planlagte udstrækning. Hele projektet havde kostet omkring 6 mio. kr.
I 2015 kom turen til Bundsø. Tilsammen afstod 22 lodsejere jord til Bundsø, der fik vandet og livet som sø tilbage efter 135 år som dyrket landbrugsland. Året efter fik søen atter frit løb til Mjels Sø og havet. I april 2019 købte Aage V. Jensen Naturfond den ca. 143 ha store Bundsø samt ca. 10 ha randområder med enge, skrænter, skov og krat af Landbrugsstyrelsen for 3,5 mio. kr.
