Da Silkeborg blev købstad i år 1900, fandt klædefabrikant Christian Hammer, at byens nye status fordrede et museum, og han forærede derfor sin store private oldtidssamling til formålet. I 1904 åbnede Silkeborg Museum i et par lokaler på Borgerskolen. Silkeborg og Omegns Museumsforening blev oprettet i 1939 og overtog opgaven med at få etableret et egentligt museum, men først i 1954 kunne Silkeborg Museum åbne i den ene halvdel af Silkeborg Hovedgård. Silkeborg Museum blev splittet op i 1960’erne, hvor kunstsamlingen blev selvstændig. I 1975 overtog Silkeborg Museum hele hovedgården, der fik en nybygning i 1991. Tollundmanden er den vigtigste attraktion i museet, som i øvrigt rummer oldtidsudstillinger og nyere tids udstillinger om håndværk, glas og det berømte lertøj fra Sorring.
I 2009 fusionerede Silkeborg Museum med Blicheregnens Museum i Thorning og i 2012 kom Papirmuseet Bikuben (i dag: Papirmuseet i Silkeborg) med i fusionen, som fik navnet Museum Silkeborg. De to museer er nu sammen med Hovedgården besøgssteder under det samlede Museum Silkeborg.
