Tegningen til Resens Atlas fra ca. 1670 afbilder klosterkirken, som lå ud til den nedlagte gade Rebslagerstræde, senere Reberbanegade.
.

I Nakskovs nordvestlige udkant, hvor gadenavnet Klostergade i dag minder om placeringen, lå der senest fra slutningen af 1300-tallet et verdsligt drevet helligåndshus med funktion af sygehus og fattighjem. I 1470 lod husets forstander, sognepræsten Jep Andersen, med borgmesterens billigelse huset optage i helligåndsordenen som et egentligt kloster, for hvilket præsten selv blev prior. Da endnu et helligåndskloster blev oprettet i Faaborg i 1477, blev klosteret i Nakskov formelt underlagt dette, uden at det i øvrigt synes at have haft nogen afgørende betydning.

I helligåndsklostre bestod bemandingen af nogle få præstemunke, der sammen med mandlige og især kvindelige plejere tog sig af de indskrevne »hospitalslemmers« åndelige og fysiske helbred. Klosteret fik dels sine indtægter fra udsendte såkaldte bedere, der drog rundt og tiggede almisser på både Lolland, Langeland og Falster, dels fra godsgaver fra den lokale adel til gengæld for sjælemesser og forbønsbroderskaber.

Klostertiden synes endt engang efter Reformationens indtog i Nakskov omkring 1530, men hospitalsdriften fortsatte en tid endnu, indtil den omkring 1540 formelt blev lagt ind under hospitalet i Nykøbing F, hvor der endnu i 1800-tallet kendtes en »Nakskov-stue« finansieret af det gamle klostergods fra Nakskov. Klosteret blev revet ned i løbet af 1600-tallet.