Gennem tiden har store naturarealer måttet vige pladsen for landbrug, bebyggelse og infrastruktur. I 2008 underskrev Aabenraa Kommune derfor den internationale miljøkontrakt Countdown 2010, hvilket betyder, at kommunen har forpligtet sig til at understøtte FN’s 2010- mål om at bremse tabet af biologisk mangfoldighed.
For at målrette forvaltningen og sikre mangfoldigheden har kommunen udpeget en række områder med særlige naturbeskyttelsesinteresser. De omfatter bl.a. Aabenraaskovene, Bolderslev Skov, Ulvemose, Tinglev Mose, Frøslev Mose, Hostrup Sø, Sønder Ådal og Okseøerne. Kvaliteten af disse områder må ikke forringes ved fx bebyggelse eller af luftbåren ammoniak. Spredningsmulighederne for dyr og planter mellem naturområderne sikres ved udpegningen af en række økologiske forbindelser. Disse forbindelser ligger overvejende i tilknytning til ådalene.
Kommunens skovareal ligger under landsgennemsnittet og er langt fra målet i det nationale skovprogram fra 2002 om, at 20‑25 % af Danmarks areal skal være skovdækket inden udgangen af 2000-tallet. Aabenraa Kommune har derfor udlagt flere arealer til mulig ny skovrejsning, bl.a. nord for Rødekro, ved Hellevad, på nordsiden af Bylderup-Bov samt i forbindelse med Bommerlund og Frøslev Plantager.
For at give befolkningen mulighed for naturoplevelser samt at styrke den generelle sundhed og livskvalitet skal adgangen til naturområderne også forbedres. Det skal bl.a. ske ved at udbygge stinettet, så der kommer en bedre forbindelse mellem byerne og naturområderne. Samtidig skal kendskabet til kommunens vandre- og cykelruter øges.
