Selv om landbruget dominerer landskabet, rummer kommunen også en stedvis rig og varieret natur. De største naturværdier findes især i det åbne lands naturtyper, i vandløbene og søerne samt til dels i skovene. Kommunen arbejder på at bevare det samlede areal af beskyttede naturtyper, som skal forbindes af et netværk af spredningskorridorer. Samtidig skal den nødvendige pleje og pasning af naturarealerne sikres og belastningen med næringsstoffer mindskes mest muligt.
For at kunne målsætte og prioritere forvaltningen har kommunen fordelt naturområderne på fire kategorier ud fra deres naturværdier. Den højeste målsætning er områder af international eller national betydning. I Assens Kommune omfatter de bl.a. Feddet og Maden på Helnæs, Noret ved Thorøhuse samt Egholm og Noret på Bågø.
Derudover har kommunen et ønske om at øge skovarealet, og der er derfor udpeget en række områder til mulig ny skovrejsning. De største skov rejsningsområder ligger omkring Brahesborg øst for Assens samt i området mellem Glamsbjerg, Tommerup og Brylle.
