Ballerup Kommunes høje bebyggelsesgrad levner ikke megen plads til naturen. De vigtigste naturområder omfatter hovedsagelig småskove, vandhuller, moser, overdrev, søer og enge, men også de grønne kiler Hjortespringkilen, Måløvkilen, Vestskovkilen og Harrestrup Ådal, som strækker sig ned mellem de enkelte bydele. De grønne kiler har primært rekreative formål, men rummer også varierende naturværdier.
Kommunen ønsker at sikre den biologiske mangfoldighed ved at forbedre, genoprette og skabe egnede levesteder, der forbindes af spredningskorridorer. En af de største trusler mod mangfoldigheden er infrastrukturen, som hindrer dyrenes spredning. Det skal afhjælpes ved bl.a. at etablere faunapassager. Dertil kommer invasive arter som kæmpebjørneklo, der til stadighed må bekæmpes.
Den høje befolkningstæthed giver naturen og de grønne områder en stor rekreativ værdi, og hensynet til friluftslivet indgår derfor som en central del af natur- og landskabsforvaltningen.
