Faaborg-Midtfyn Kommune har en rig og varieret natur, som ikke blot rummer en stor biologisk mangfoldighed, men også spiller en vigtig rolle for befolkningstilvæksten og borgernes generelle tilfredshed. Det gælder ikke mindst de vidtstrakte og karakteristiske landskaber som Det Sydfynske Øhav, De Fynske Alper, Bøjden Nor samt skovene og søerne omkring de store herregårde.
I forvaltningen ligger fokus især på at forbedre levevilkårene for dyr og planter gennem naturpleje og -genopretning, skovrejsning og etablering af nye vådområder, samtidig med at borgernes adgang til naturområderne udvides. Langs bl.a. Vantinge Å, Hågerup Å og Vittinge Å er der eksempelvis udpeget en række potentielle nye vådområder, ligesom naturværdierne i og omkring regnvandsbassinerne skal øges. Desuden har kommunen udlagt flere områder til mulig ny skovrejsning, hovedsagelig i nord ved Ringe, Nørre Lyndelse og Nørre Søby.
