Faxe Kommune har lavet en kommuneplan for 2021‑33. Her har man udstukket en række hovedmål for indsatsen for natur og miljø. Hovedmålene er, at man vil fremme den biologiske mangfoldighed og beskytte særlige naturområder i vand og på land. Desuden vil man forbedre spredningsmulig‑ hederne for dyr og planter. Der er særligt fokus på at mindske miljøbelastningen i kommunens vådområder, hvor man vil arbejde på at tilbageholde næringsstoffer. Kommunen fokuserer også på, at naturbeskyttelsen så vidt muligt skal indrettes, så borgerne samtidig får bedre adgang til naturen. Faxe Kommune har af miljømæssige årsager udpeget en række områder til skovrejsning, selv om kommunen har store skovområder.
Kommunen har udarbejdet særlige handleplaner for sine Natura 2000‑områder, og her har man iværksat en række konkrete tiltag. Der er fx lavet frivillige aftaler med lodsejere i Natura 2000‑områderne om rydning af vegetation og græsning til gavn for sjældne planter. Omkring søerne ved Gisselfeld og Bregentved har man aftalt pleje af den lysåbne natur og iværksat bekæmpelse af forvildede mink til gavn for fuglelivet. I Bagholt Mose har man ryddet træer og buske for at bevare den særlige hængesæk, som man ikke finder ret mange andre steder på Sjælland. Et helt særligt projekt, som har fået tilskud fra EU, har drejet sig om at for‑ bedre den såkaldte avneknippemose i Gammellung ved Suså. Det er en naturtype, som kun findes få steder i landet.
Faxe Kommune overvåger også kommunens vandløb. Man har frilagt en del rørlagte vandløb og sørget for, at der bliver anlagt gydepladser for fisk. Flere steder er man gået ind og har forbedret vandløbets kvalitet på forskellig måde, og i Suså har man gjort en særlig indsats for bevarelse af tykskallet malermusling. Faxe Å er blevet omlagt ved Blåbæk Møller for at undgå, at ørredyngel bliver ædt, når den svømmer gennem møllesøen. I kommuneplanen har man en ambition om at satse endnu mere på at forbedre kommunens søer og vandløb og de omgivende enge og moser.
Næsten 5 % af Danmarks strand enge ligger mellem Præstø Fjord og Grønsund, og en del af disse ligger i Faxe Kommune. På Feddet har kommunen i samarbejde med ejeren, Ivan Reedtz‑Thott, gjort en indsats for at genskabe den naturlige hydrologi, så engene bliver mere våde. Det gavner både strandengenes planter og fuglelivet.
