Helsingør Kommune rummer store naturmæssige værdier og huser bl.a. en række dyr, svampe og planter, som enten er sjældne eller helt mangler andre steder i landet. I Kommuneplan 2013 udtrykker kommunen et ønske om aktivt at beskytte naturen, øge biodiversiteten og forbedre vandkvaliteten i åer, søer og kystvande.
På mange punkter er naturen dog stadig udfordret. Det gælder bl.a. byudviklingen og infrastrukturen, som bidrager til en øget fragmentering af naturområderne og begrænser dyrenes og planternes spredningsmuligheder. Det vil kommunen afhjælpe ved spredningskorridorer samt en forbedring af eksisterende eller etablering af nye naturområder.
Ønsket om en naturrig kommune sætter samtidig en grænse for, hvor meget byerne fysisk kan udvide sig. Byudviklingen i Helsingør Kommune skal derfor ske ved at skabe mere by på den samme plads. For at kompensere for den øgede byfortætning skal adgangen til bynære skove og strande forbedres.
Helsingør Kommune har i forvejen et forholdsvis stort skovareal, og alle større byer i kommunen ligger tæt på et eller flere skovområder. I forbindelse med et nationalt ønske om at øge landets skovareal til 20‑25 % inden 2090 har Helsingør Kommune udpeget endnu et område vest for Kvistgård til rejsning af ny skov.
