For bedre at kunne prioritere indsatsen og dermed forbedre forvaltningen af naturområderne udarbejdede Kolding Kommune en Naturkvalitetsplan i 2012. I planen blev kommunen opdelt i otte geografiske delområder, for hvilke der udarbejdedes otte lokale naturplaner. Ud over at rette søgelyset mod sjældne arter som blåhatjordbi, femplettet køllesværmer og ternet møgbille sætter naturkvalitetsplanen mål for kommunens tilsyn med beskyttede naturarealer og prioriterer indsatsen for at bevare og styrke dyre- og plantelivet i de områder, hvor naturværdierne er størst. Det gælder fx områder som Skærsø, Svanemose, Skamlingsbanken, Vester Nebel Å, Stenderupskovene og Hejls Nor.
Som en væsentlig del af forvaltningen har Kolding Kommune gennemført flere naturprojekter siden Strukturreformen og sammenlægningen i 2007. Et af de største var genopretningen af Vester Nebel Å og etableringen af et omløbsstryg ved Ferup Sø 2007‑08. Også anlæggelsen af et 600 m langt serpentinerstryg i Dalby Møllebæk er blandt de mere opsigtsvækkende projekter. Dertil kommer bl.a. udlægning af gydegrus i Kolding Å, rydning af krat og efterfølgende græsning langs Vester Nebel Å og Truds Å samt etablering af en faunapassage ved Seest Mølleå. For at forbedre livsbetingelserne for ederfugl er det desuden besluttet at udlægge stenrev ved Skibelund og Trappendal. Udlægningen af revene skal kombineres med udplantning af ålegræs.